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# -*- coding: utf- 8 -*-
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Created on Sat Jun 20 19 : 36 : 34 2015
@author : chaofn
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import os
"" "
这个程序的目的是将linux下/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb目录中的所有文件(一共有 215 个文件)
批处理
将pdb文件生成dssp文件
"" "
#listdir返回文件名的列表
fileLine=os.listdir( '/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb' )
#遍历整个列表
for i in range(len(fileLine)- 1 ):
#将字符串用变量表示
input_file= '/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb/' +fileLine[i]
#先去掉文件名的后缀,然后形成后缀为dssp的文件名
out_file=fileLine[i].split( '.' )[ 0 ]+ '.dssp'
output_file= '/ifs/home/fanchao/Manesh_dssp/' +out_file
#注意:参数的传递(先是%s,然后是%变量名),多个变量的传入要用元组表示,在元组前用%
os.system( '/ifs/share/lib/dssp/dssp2 -i %s -o %s' %(input_file,output_file))
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