这两种都是mysql的数据库的存储引擎的类型，一个支持事物等数据库的高级功能，一个不支持。两个各有用处，各有优劣。
1/ISAM
ISAM是一个定义明确且历经时间考验的数据表格管理方法，它在设计之时就考虑到数据库被查询的次数要远大于更新的次数。因此，ISAM执行读取操作的速度很快，而且不占用大量的内存和存储资源。ISAM的两个主要不足之处在于，
2/InnoDB
它提供了事务控制能力功能，它确保一组命令全部执行成功，或者当任何一个命令出现错误时所有命令的结果都被回退，可以想像在电子银行中事务控制能力是非常重要的。支持COMMIT、ROLLBACK和其他事务特性。最新版本的Mysql已经计划移除对BDB的支持，转而全力发展InnoDB。
MyIASM是IASM表的新版本，有如下扩展：
二进制层次的可移植性。
NULL列索引。
对变长行比ISAM表有更少的碎片。
支持大文件。
更好的索引压缩。
更好的键吗统计分布。
更好和更快的auto_increment处理。
以下是一些细节和具体实现的差别：
1.InnoDB不支持FULLTEXT类型的索引。
2.InnoDB中不保存表的 具体行数，也就是说，执行select count(*) from table时，InnoDB要扫描一遍整个表来计算有多少行，但是MyISAM只要简单的读出保存好的行数即可。注意的是，当count(*)语句包含 where条件时，两种表的操作是一样的。
3.对于AUTO_INCREMENT类型的字段，InnoDB中必须包含只有该字段的索引，但是在MyISAM表中，可以和其他字段一起建立联合索引。
4.DELETE FROM table时，InnoDB不会重新建立表，而是一行一行的删除。
5.LOAD TABLE FROM MASTER操作对InnoDB是不起作用的，解决方法是首先把InnoDB表改成MyISAM表，导入数据后再改成InnoDB表，但是对于使用的额外的InnoDB特性（例如外键）的表不适用。
另外，InnoDB表的行锁也不是绝对的，如果在执行一个SQL语句时MySQL不能确定要扫描的范围，InnoDB表同样会锁全表，例如update table set num=1 where name like “�a%”
任何一种表都不是万能的，只用恰当的针对业务类型来选择合适的表类型，才能最大的发挥MySQL的性能优势.
MySQL Administrator建数据库的时候，表缺省是InnoDB类型。
InnoDB，MyISAM 两种类型有什么区别：MyISAM类型不支持事务处理等高级处理，而InnoDB类型支持。 MyISAM类型的表强调的是性能，其执行数度比InnoDB类型更快，但是不提供事务支持，而InnoDB提供事务支持，外键等高级数据库功能。
MyISAM类型的二进制数据文件可以在不同操作系统中迁移。也就是可以直接从Windows系统拷贝到linux系统中使用。
修改表的引擎类型：
ALTER TABLE tablename ENGINE = MyISAM ；
MyISAM:,它是基于传统的ISAM类型,ISAM是Indexed Sequential Access Method (有索引的 顺序访问方法) 的缩写,它是存储记录和文件的标准方法.与其他存储引擎比较,MyISAM具有检查和修复表格的大多数工具. MyISAM表格可以被压缩,而且它们支持全文搜索.它们不是事务安全的,而且也不支持外键。如果事物回滚将造成不完全回滚，不具有原子性。如果执行大量 的SELECT，MyISAM是更好的选择。
InnoDB:这种类型是事务安全的.它与BDB类型具有相同的特性,它们还支持外键.InnoDB表格速度很快.具有比BDB还丰富的特性,因此如果需要一个事务安全的存储引擎,建议使用它.如果你的数据执行大量的INSERT或UPDATE,出于性能方面的考虑，应该使用InnoDB表,
对于支持事物的InnoDB类型的标，影响速度的主要原因是AUTOCOMMIT默认设置是打开的，而且程序没有显式调用BEGIN 开始事务，导致每插入一条都自动Commit，严重影响了速度。可以在执行sql前调用begin，多条sql形成一个事物（即使autocommit打 开也可以），将大大提高性能。
1.查看表信息，里面包括使用的引擎类型，字符编码，表结构等
使用这个命令
mysql> show create table t1;--t1是表名
2. 可以执行以下命令来切换非事务表到事务（数据不会丢失），innodb表比myisam表更安全：
alter table t1 type=innodb;--t1是表名
3. innodb表不能用repair table命令和myisamchk -r table_name
但可以用check table t1，以及mysqlcheck [OPTIONS] database [tables]
4. 启动mysql数据库的命令行中添加了以下参数可以使新发布的mysql数据表都默认为使用事务（
只影响到create语句。）
--default-table-type=InnoDB
5. 临时改变默认表类型可以用：
set table_type=InnoDB;
其他信息；
官方准确解释
· MyISAM：默认的MySQL插件式存储引擎，它是在Web、数据仓储和其他应用环境下最常使用的存储引擎之一。注意，通过更改STORAGE_ENGINE配置变量，能够方便地更改MySQL服务器的默认存储引擎。
· InnoDB：用于事务处理应用程序，具有众多特性，包括ACID事务支持。
· BDB：可替代InnoDB的事务引擎，支持COMMIT、ROLLBACK和其他事务特性。
· Memory：将所有数据保存在RAM中，在需要快速查找引用和其他类似数据的环境下，可提供极快的访问。
· Merge：允许MySQL DBA或开发人员将一系列等同的MyISAM表以逻辑方式组合在一起，并作为1个对象引用它们。对于诸如数据仓储等VLDB环境十分适合。
· Archive：为大量很少引用的历史、归档、或安全审计信息的存储和检索提供了完美的解决方案。
· Federated：能够将多个分离的MySQL服务器链接起来，从多个物理服务器创建一个逻辑数据库。十分适合于分布式环境或数据集市环境。
· Cluster/NDB：MySQL的簇式数据库引擎，尤其适合于具有高性能查找要求的应用程序，这类查找需求还要求具有最高的正常工作时间和可用性。
· Other：其他存储引擎包括CSV（引用由逗号隔开的用作数据库表的文件），Blackhole（用于临时禁止对数据库的应用程序输入），以及Example引擎（可为快速创建定制的插件式存储引擎提供帮助）。
请记住，对于整个服务器或方案，你并不一定要使用相同的存储引擎，你可以为方案中的每个表使用不同的存储引擎，这点很重要。