这样从几个方面来看：
一、运行机制：
Java代码被编译成字节码后，会在虚拟机里由JIT进行二次编译成为本地码，据传言其执行速度可以和C++相媲美，经过我自己测试，用Java实现一个简单的Memcache协议的缓存服务器，在Java 1.6下运行，和memcache本身相比，同样数据量的存取时间比大概是3:2，虽然有差距，但是比想象的要好很多。Java 1.7在JIT方面做了大量的改进，性能比Java 1.6还要好。
PHP是直接对文本代码进行解释执行，即便有opcode缓存技术，仍然有不可逾越的性能鸿沟。PHP的opcode类似于java的class字节码，仍是解释执行。
1.底层运作:PHP使用两层、JSP使用三层来处理用户的请求和回显。
PHP的两层:Web服务器软件(Apache、Nginx)->PHP Zend解析器解释脚本并回显。
JSP的三层:Web服务器软件(Apache、Nginx)->容器->Java虚拟机解析Servlet并回显。
"容器"是JSP中的一个重要概念，容器可以控制servlet的生命周期(实例化和回收servlet);支持多线程调用servlet并处理线程销毁;使用XML配置安全性，不用写死在servlet里，不用重新编译;把JSP代码翻译为Java代码。
PHP少了这个中间层，像多线程、安全性自然不如JSP。但PHP可以采用Opcode技术把脚本解析的结果缓到内存(比如使用APC、eAccelerator、XCache)，省略了由PHP脚本到Opcode解析过程。这样速度当然比“把JSP代码翻译为Java代码”再由Java虚拟机解释执行快。不过对于动态确定的内容无法使用Opcode缓存技术。
2.框架扩展：
PHP提供扩展，方便与其它语言相互调用(如C)，也有成熟的PECL扩展可用。
JSP支持多框架，如1)使用Hibernate做数据持久连接，这也是JSP操作数据库比PHP快好多倍的原因，其次JSP与DB的接口操作也方便。2)使用Spring调用JavaBean处理业务逻辑。且JSP有Java做后盾，可以调用很多J2EE成熟的库(如EJB)，而PHP是做不到的。
二、处理并发：
Java在并发处理上采取单进程多线程的方式，web应用会随着web server的启动而启动，而来自web 浏览器的请求将被分配给线程池内的闲置线程处理，也就是说当有请求到达的时候，进程是准备好的，线程是准备好的，Java要做的仅仅是业务逻辑处理了。PHP在并发处理上时采取多进程的方式，在web server里没有物理的web应用概念，每个请求都相当于一个独立的应用，而进程也随着请求的到达才启动，而随着请求的结束而消亡。在Fast CGI环境下，有类似于线程池的进程池技术，对性能提高有很大的帮助。然而一方面web server和Fast cgi通讯仍需要通过socket，多出了一定的IO损耗，另一方面进程池内的进程间也很难进行通讯，所以在并发处理上仍然无法和Java相比。
三、数据库应用：
Java可以采用数据库连接池技术，节省下数据库连接过程带来的时间损失。
PHP没有这个好处，原因来自上面的第二条。
在数据库接口上java有JDBC，PHP有PDO，这两个很类似。然而Java有非常多的ORM技术框架(如Hibernate)使数据库操作变得异常简单，而PHP的运行方式决定了它是ORM的禁区（当然也可以做ORM，只是做到什么程度是由你对ORM带来的性能损耗的忍受程度决定的）。
四、缓存技术
Java是单进程，很多缓存可以直接在Java的heap中做，而无需借助外在的工具，当然也有很好的缓存框架，比如Ehcache，因为没有网络IO，所以性能非常高。
PHP多进程单线程决定了它只能借助外来的缓存服务器，比如Memcache.
五、热部署
Java的热部署能力很弱，如果希望修个BUG而不停服是很难做到的。
PHP天然热部署。
六、开发成本
一个好Java程序员所需的知识储备更多，开发、调试所需的周期较长，好点的web server也都是收费的。
PHP免费、web server也免费。
七、安全性
这个要看你怎么来定义安全性，如果是代码安全，java class反编译很容易，这点上来说两者差不多。
Java有安全配置机制可保证一些“非法操作”无法执行，这点上来说PHP较弱。
然而Java很容易因为一个BUG导致整个应用宕掉，PHP就安全的多。
其实要说起来Java的好处多多，然而仅仅最后三条就可以让决策者取PHP而弃Java.