1. InnoDB：支持事务、外键、行级锁，支持崩溃后安全修复，提供了具有提交、回滚和崩溃恢复能力的事务安全存储引擎；
2. MyISAM：不支持事务、外键，不支持行级锁只支持到表级锁，不支持崩溃后安全修复；
3. InnoDB主键查询性能高于MyISAM，MyISAM性能高于InnoDB。
4. MyISAM支持fulltext类型的全文索引，InnoDB不支持fulltext类型的全文索引，但InnoDB可以使用sphinx插件支持全文索引，并且效果更好。
5. InnoDB是聚集索引，使用B Tree作为索引结构，数据文件是和（主键）索引绑在一起的（表数据文件本身就是按B Tree组织的一个索引结构），必须要有主键，通过主键索引效率很高。但是辅助索引需要两次查询，先查询到主键，然后再通过主键查询到数据。因此，主键不应该过大，因为主键太大，其他索引也都会很大。
MyISAM是非聚集索引，也是使用B Tree作为索引结构，索引和数据文件是分离的，索引保存的是数据文件的指针。主键索引和辅助索引是独立的。
也就是说：InnoDB的B 树主键索引的叶子节点就是数据文件，辅助索引的叶子节点是主键的值；而MyISAM的B 树主键索引和辅助索引的叶子节点都是数据文件的地址指针。
6. 如果需要支持事务选择innodb，如果不需要可以考虑MyISAM；
如果表中绝大多数都只是读查询，可以考虑MyISAM，如果既有读也有写，使用InnoDB。
系统奔溃后，MyISAM恢复起来更困难；
现在的MySQL版本中Innodb已经成为Mysql的默认引擎(之前是MyISAM)。
7. InnoDB为什么推荐使用自增ID作为主键：
自增ID可以保证每次插入时B 索引是从右边扩展的，可以避免B 树和频繁合并和分裂（对比使用UUID）。如果使用字符串主键和随机主键，会使得数据随机插入，效率比较差。