1、简介
RepeatMasker是一款基于Library-based，通过相似性比对来识别重复序列，可以屏蔽序列中转座子重复序列和低复杂度序列（默认将其替换成N）。提供有在线服务。RepeatMasker在进行序列比对时可以选用常见的几种算法，包括nhmmer、cross_match、ABBlast/WUBlast、RMBlast 、Decypher（可以安装多个比对引擎，但每次只能使用其中一个）。
Repbase是由美国遗传信息研究所（GIRI）创建并维护，收录了转座子和其他重复序列及其注释信息。
2、本地安装
本地安装RepeatMasker，除了需要RepeatMasker主程序外，还需要TRF（Tandem Repeats Finder）、序列搜索引擎（以RMBlast为例）以及Repbase数据库。