说明：本文所有测试以java工程为例；
1. Eclipse下的java工程目录
eclipse的基本工程目录叫做workspace，每个运行时的eclipse实例只能对应一个workspace，也就是说，workspace是当前工作的根目录。
Eclipse在新建项目的时候会自动生成一些文件。这些文件比如.project、.classpath、.settings目录下的所有文件等。这些文件是Eclipse项目的元数据，描述了一个Eclipse项目。
1.1 修改工作空间
当你打开eclipse时候可能会提示你加载工作空间；
可以查看工作空间，并设置是否每次提示加载；
主菜单 Window > Preferences > General > Startup and Shutdown
选中或取消 Prompt for workspace on startup
eclipse菜单界面修改（切换）工作空间；
主菜单 File > SwitchWorkspace > Other...
通过修改配置文件请参考Eclipse默认空间与工作空间的更改
1.2 Java Project 的目录结构
我自己新建一个java项目JavaProjectNew,全部默认配置，即只输入项目名就“Finish”：
文件目录结构 和 Java项目结构 如下：
bin目录是工程输出路径，存放了编译生成的.class文件
src目录为源码文件夹，存放的是.Java文件
.classpath和.project为工程描述文件
1.3 查看.project、.classpath文件
这两个配置文件使用普通的文本编辑器都可以打开；
2 Eclipse导入java文件、java项目、文件夹
2.1 导入java文件
菜单栏 项目右键 > import，选择General > File System，点击下一步 选择需要导入文件所在目录 > 关联复选框选择 > Finish
注意：我开始选择的目录是工程根目录，这样文件会加载到根目录下，其实也就是没法运行的；
解决问题：刚开始选择src目录，这样导入到src默认java源文件目录下，是可以进行编译的。
直接复制java文件到工程目录的src目录下，如(a)或(b):
(a)Eclise支持拖拽事件的，（eclipse项目资源管理器界面的操作）直接将文件拖到src目录下；等同于“Ctrl+C”java文件之后选中src包“Ctrl+V”。
(b)直接复制文件到项目的 src 目录下，然后界面“F5” 或者 项目右键“Refresh” 刷新。
提示： 如果导入的是同一个文件夹下的多个java文件，则可以 新建Package，命名同文件夹一致，然后导入该package，这样的好处是可以不用修改代码第一行“package pName” 。
2.2 导入java项目
菜单File > Import > 选择General > Existing Project into Workplace，点击下一步 选择需要导入的工程。
注意： 这个一般没什么问题，只是需要注意需要是完整的Java项目（包含各种元数据）；还有就是同一个工作空间的项目不能重名。
2.3 导入java文件夹
直接复制java文件夹到工程目录的src目录下(同2.1)，可通过编译；
直接复制java文件夹到工程目录下，这样不会被识别；
解决方法就是路径的构建
3 工作空间根目录 文件夹，无法工作 （文件夹转工程）
(1) 通过 File > Import > 选择General > Import Projects from Folder 导入文件夹可能会无法工作，因为eclipse无法识别这个文件夹为一个工程；
(2) 这时候将（存在的java项目的）.classpath和.project文件 复制到该文件夹，并且（至少）修改一下 .project中<name>ProjectName</name> 标签中的文件名为该文件夹的名称，刷新可以看到文件夹图标有“J”标识：
虽然这时候已经没有报错了，可是这两个java文件是不能运行的，因为它没有被加入运行环境。
解决办法很多，本质都是将源码目录加载到项目；比如可以新建文件夹关联到项目的源码路径，java文件放进来就行。
对于配置文件的手动修改了解即可（极客除外）；一个稍微复杂的项目的配置文件很可能是动态关联的，即使修改了几个还是很可能出异常；这种方法是备用的。
而对于相对简单的学习练习java程序来说，直接复制到现有项目（可以新建）是很快捷高效的办法。
4 相关使用提示
界面操作：当前选中的目录尤其要注意，菜单很多操作都是针对当前目录的，而不是整个工作空间；也就是要知道所做的操作是相对于当前工作空间还是当前的工程。对于很多修改配置之类的操作，需要重新刷新（加载）
图标判断：eclipse针对各种文件有相应的图标，通过图标可以初步快速的判断一些问题。
菜单的关联，eclipse功能比较强大，但可能有好多功能是自己不用关注或不使用的；同一个功能可以从不同的菜单调出，比如所有几乎所有功能都有快捷菜单；深入了解几个常用的功能菜单这样才不至于觉得很乱。
参考：
1.Eclipse下的java工程目录
2.Eclipse工程标准目录层次结构
3.eclipse导入Java工程文件
4.Eclipse中.setting目录下文件介绍
5.Eclipse：java工程目录详解