安装
aspera只能安装在用户目录，创建用户
下载链接可在IBM网站获取
Aspera - Connect | IBM
/connect_latest/v4/bin/ibm-aspera-connect_4.1.0.46-linux_x86_64.
也可以从本地使用WinSCP上传到服务器
-
adduser wyl
-
su wyl
-
cd /home/wyl
-
wget https:///connect_latest/v4/bin/ibm-aspera-connect_4.1.0.46-linux_x86_64.
-
tar -zxvf ibm-aspera-connect_4.1.0.46-linux_x86_64.
-
./ibm-aspera-connect_4.1.0.46-linux_x86_64.sh
-
-
# 记得切换到root模式添加环境变量，不然就只能在用户下使用
-
su root
-
echo """export PATH=\"/home/wyl/.aspera/connect/bin:\$PATH\" """ >> ~/.bashrc
-
source ~/.bashrc
-
-
ascp -h
下载单个（批量）SRA
ENA Browser查找SRA数据
单个下载
-
# 如：使用aspera以最高300m限速下载EBI数据库里的SRR11966532_1.文件到/mnt/sra目录
-
-
ascp -QT -l 300m -P33001 -i /home/wyl/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@:vol1/fastq/SRR119/032/SRR11966532/SRR11966532_1. /mnt/sra
-
-
-
# ascp各个参数使用可以用ascp -h查看
批量下载
1. 创建
-
cat
-
SRR11903615
-
SRR11903616
-
SRR11903617
-
SRR11966532
2. 在同一文件夹创建
-
vi
-
# 按i进入insert模式，输入以下代码
-
-------------------
-
#!/bin/bash
-
for i in $(cat )
-
do
-
x=$(echo $i | cut -b1-6)
-
y=$(echo $i | cut -b10-11)
-
echo "vol1/fastq/${x}/0${y}/${i}/${i}_1." >> id_trim.txt
-
echo "vol1/fastq/${x}/0${y}/${i}/${i}_2." >> id_trim.txt
-
done
-
-
ascp -v -QT -l 300m -P33001 -k1 -i /home/wyl/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --mode recv --host --user era-fasp --file-list id_trim.txt /mnt/sra
-
-
rm id_trim.txt
-
# 按Esc退出insert模式，按:wq保存退出vi编辑
x，y的抓取可以根据SRR号长度更改，主要要符合EBI的模式可以找到目标文件
cut -b1-6 抓取字符串第1为到第6位
3. 下载
-
# 在放置和的目录内运行
-
sh