区分Bulk测序和高通量单细胞测序中的提高细胞通量
首先区分下单细胞测序和Bulk测序：
简单来说：就是bulk测序和单细胞测序提取的东西不同，前者提取的是组织，器官，一群细胞,就是"提取一大堆"，后者"提取单个细胞"，不要弄混提高单细胞测序中的细胞通量/细胞量和bulk测序。提高细胞通量（实际测到的细胞数目）的原因是单细胞测序检测到的细胞数目越多，其也就越能代表样本的真实情况，提高细胞通量就应该改进的是单个细胞捕获技术（单细胞的取样方法），我理解的是检测的也是单个细胞，单个细胞这种，细胞与细胞之间还是独立的，提高细胞通量是为了同时测得单个的细胞更多，提高测序精度（多个单独更精确），与bulk测序那样是一大块（一大堆测序）一起提取完全不是一回事，一个是为了提高精度，一个是测序方式，不能放在一个层面比较。单细胞测序(scRNA-seq)与bulk测序（Bulk RNA-seq）的不同之处是Bulk
RNA-seq是提取组织、器官或一群细胞的混合RNA（bulk
RNA）进行测序，能够得到的是一群细胞的转录组的平均数据，或者说是代表性数据，细胞群体中单个细胞的特异性信息往往被掩盖，比如特异表达的基因或RNA不同的剪接体。随着对生物结构功能的深入研究，人们越来越清楚地认识到，哪怕看似相同的细胞群，细胞之间的转录本表达水平也是存在差异的。以肿瘤为例，肿瘤中心的细胞，肿块边缘的细胞和肿块周围的细胞，乃至远端转移的细胞，其转录组等遗传信息一定是存在差异的，而传统的研究手段通常将整个肿块整体进行研究，或者将肿块简单分区分割，得到每一部分细胞基因表达的平均值，丢失了每个细胞的异质性信息，使科研人员对肿瘤微环境中各种细胞转录本表达及免疫功能的理解始终如隔雾看花。由此可见，为了得到原始和真实的细胞遗传信息，对转录组的分析应该在单细胞水平上展开。单细胞测序能够获取每个单个细胞的遗传信息，检出混杂样品中的异质性细胞。
那么，如何将混杂组织中的单个细胞捕获（如何将细胞分散到独立的容器或反应器中去，让它们彼此独立，互不干扰），就成了单细胞测序最重要的挑战。
–摘自 [纯干货]你想知道的关于高通量单细胞测序的内容，都在这里 - 吃松鼠的小松子的文章 - 知乎 /p/70389595