pdbx_struct_oper_list
对象
pdbx_struct_oper_list
对象是用于描述蛋白质结构的几何变换操作符的列表。在 mmCIF 文件中,它定义了在组装生物学装配体(biological assembly)时对每个亚基或链执行的几何变换。该列表包含了每个操作符的详细信息,包括操作的旋转矩阵和平移向量。这些操作符用于将晶体中的单个蛋白质链通过几何变换(例如旋转和平移)组装成完整的生物装配体。
主要字段
-
id
: 每个操作符的唯一标识符,通常是整数编号,例如1
,2
,3
等。这个字段用于在 mmCIF 文件中的其他部分(例如oper_expression
)引用该操作符。 -
type
: 操作类型,通常描述几何变换的类型,常见值包括homogeneous rotation
或translation
等。 -
name
: 该操作符的名称,用于进一步描述该操作符的几何变换的具体细节。 -
matrix[1][1]
到matrix[3][3]
: 这是 3x3 的旋转矩阵,描述了该操作符执行的旋转操作。矩阵中的每个值表示对应坐标轴上的旋转参数。 -
vector[1]
到vec