py-mmcif包pdbx_struct_oper_list对象介绍

时间:2024-09-30 19:38:32

pdbx_struct_oper_list 对象

pdbx_struct_oper_list 对象是用于描述蛋白质结构的几何变换操作符的列表。在 mmCIF 文件中,它定义了在组装生物学装配体(biological assembly)时对每个亚基或链执行的几何变换。该列表包含了每个操作符的详细信息,包括操作的旋转矩阵和平移向量。这些操作符用于将晶体中的单个蛋白质链通过几何变换(例如旋转和平移)组装成完整的生物装配体。

主要字段
  • id: 每个操作符的唯一标识符,通常是整数编号,例如 123 等。这个字段用于在 mmCIF 文件中的其他部分(例如 oper_expression)引用该操作符。

  • type: 操作类型,通常描述几何变换的类型,常见值包括 homogeneous rotation 或 translation 等。

  • name: 该操作符的名称,用于进一步描述该操作符的几何变换的具体细节。

  • matrix[1][1] 到 matrix[3][3]: 这是 3x3 的旋转矩阵,描述了该操作符执行的旋转操作。矩阵中的每个值表示对应坐标轴上的旋转参数。

  • vector[1] 到 vec