Linux下手动编译安装R包(今日份收获)

时间:2024-05-30 17:23:24

不管是在windows下还是Linux下,我们安装R包的方法最常用最无脑的方法,自然是install.packages("package_name"),但是很多情况下并不能如愿:

Linux下手动编译安装R包(今日份收获)

本人今天安装ASMap包时也失败了,于是在各种折腾之下学会了手动安装R包。

第一步需要用wget下载R包到服务器,或者使用浏览器下载到windows下,再上传到服务器。PS.下载到服务器上的R包还需要解压缩

第二步需要找到自己在服务器上安装的R包的library库的绝对路径。

先进入R交互式命令行,然后使用命令install.packages("package_name",repos = NULL),这样可以找到library路径。

第三步在bash命令行下编译安装R包。

R CMD INSTALL -l /path/to/your/library  /path/to/your/downloaded/package

这样就完成R包的手动安装了。目前我个人觉得这种安装方法是万能的,但是有一个最大的缺陷的,一旦你要安装的R包存在依赖包,那么还需要先安装依赖包,才能安装需要的R包。

 

另,推荐一下Bioconductor安装R包,基本很多用的上的R包都可以使用这种方法安装:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("package_name")