最简单的搭建Elastix运行环境的方法与使用
(1)下载链接:https://www.creatis.insa-lyon.fr/~srit/tete/ (后面出现的文件都可在这找到,没.nii文件的,用.mha的文件先测试一下)
(2)这个是我下载 http://elastix.isi.uu.nl/download.php 解压后的路径
(也可以直接从上面那个链接 https://www.creatis.insa-lyon.fr/~srit/tete/ 下载,自己建一个目录)
(3)将上面‘C:\ITK&&Elastix\Elastix\anzhuang\elastix_windows64_v4.7’这个路径添加到系统的path环境变量中,就可以打开cmd 运行一下elastix -help 看一下有没有搭建成功。
(4)进入到要配准图像的文件夹目录下
(5)cmd运行elastix配准,-f代表的是目标配准图像参考的标准;-m 是输入的目标配准图像;-out 是配准输出的参数保存的路径–>会得到一个TransformParameters.0.txt的配准参数;-p是运行刚性配准的原始参数设置文件,直接下载直接用。
(6)获得rigid/TransformParameters.0.txt中后,还要把目标配准图像通过transformix转化成要的结果
-in 是目标配准图像;-out 是输出目标配准图像转化后的结果,结果文件默认为mhd格式,可以通过先更改rigid/TransformParameters.0.txt文本中(ResultImageFormat “mhd”)–>(ResultImageFormat “nii”)让转化后的结果是nii格式
-tp是配准参数。
(7)在vv.exe中打开查看