1、编译方式不一样
这个是我认为二者之间最大的区别了，首先，web应用程序中的所有的文件都是 相互独立 的，就是说我的一个文件的改变，或者发生错误不会影响其它的界面！但是web网站就不一样了，它其中的一个文件里代码有错误，那么 整个系统就会弹出错误！产生这样的现象就是因为他们之间的编译方式不一样，web网站中是你用哪个文件，我们的系统就去编译哪个文件！而web应用程序就是说我们无论去调用哪个文件，我们的系统会将所有的文件都进行编译，这样，按一个文件都会被编译，如果有错，那么一定会被发现！所以我们在做大型软件的时候我们一般选择的都是web应用程序，做小型的网站的时候，我们一般用web网站！
2、修改代码时候文件更新的不同
网站中每个页面(aspx,ashx)都生成对应的程序集，名称是随机的，当文件建立保存以后，请求会自动保存一下。如果你对文件中的代码改动了，Assembly.GetExecutingAssembly().Location
会重新编译生成一个新的程序集，如果没有改动，则不会生成新的.（在Web网站中的一个一般处理程序中获取当前一般处理程序文件所生成的dll文件.如果一般处理程序中的代码改变了那么重新生成，没有变化则不会重新生成。
）
所在Web应用程序中修改了代码以后一定要重新生成，不然修改后的代码不会生成到程序集中，程序集中可能还是旧的内容
3、web网站没有命名空间
为什么网站不需要命名空间?命名空间就是为了区分类同名的情况，而网站一个文件就是一个独立的程序，所以不会出现类重名的情况.
4、web网站中的App_Code
现在都知道了网站中每个文件都是独立的程序，互不影响，那么如果要是这样我们的代码复用极大的不便了，因为像SqlHelper这种东西就不能公共调用了，连接数据库调用数据库岂不是麻烦死！这个就不用担心了，因为微软为网站提供了一个App_Code，我们可以将那些公用的代码都放在App_Code中就解决了问题！
后记：
那么最后就总结一句话：大网站比较适合用WebApplication（应用程序）项目，小网站比较适合用WebSite（网站）项目！有人会
转自：https://blog.****.net/jerry11112/article/details/84574181