正点原子F407开发板上PWM用的是TIM2_CH4，我的板子上用的是TIM3_CH1。需要修改的地方还是挺多的，经过一番摸索总算是调通了，这里记录一下供大家参考。
1.首先当然是修改Kconfig文件了。
参考正点原子的BSP把里面的TIM2_CH4改成TIM3_CH1。
然后打开menuconfig
Hardware Drivers Config-->On-chip Peripheral Drivers-->Enable pwm-->Enable timer3 output pwm-->Enable PWM3 channel1
保存退出后使用scons --target=mdk5重新编译一下。
2.复制rt-Thread官网上的PWM设备例程添加到工程中。
修改pwm设备名称和pwm通道。
3.打开board里的CubeMX工程，配置一下TIM3_CH1的输出脚。
stm32f407VGT6的PA、PC6、PB4都可以作为TIM3_CH1的输出脚，选择自己需要的一个，我这里用的PB4。
然后点击GENERATE CODE。
打开工程在stm32f4xx_hal_msp.c文件中可以看到void HAL_TIM_MspPostInit(TIM_HandleTypeDef* timHandle)函数，就是初始化PB4引脚的。
编译下载，然后在shell里输入pwm_led_sample然后用示波器测试PB4引脚发现没波形。然后开始找原因。
反复检查好久发现是TIM3的系统时钟没有打开，参考正点原子stm32f4xx_hal_msp.c文件在我们的stm32f4xx_hal_msp.c文件中添加两个函数
void HAL_TIM_Base_MspInit(TIM_HandleTypeDef* htim_base)
void HAL_TIM_Base_MspDeInit(TIM_HandleTypeDef* htim_base)
然后编译下载，shell下输入pwm_led_sample
然后测试PB4端口，PWM输出正常了。
如果需要输出多路PWM的话需要先修改Kconfig文件，然后在CubeMX配置引脚，在stm32f4xx_hal_msp.c文件中初始化相关引脚，在menuconfig中打开对应通道的PWM，最后在PWM_app.c文件中添加相应设置。