查询了许多资料，也花费了许多时间去测试，得到如下的解决办法：
解决一直在index的问题，具体方法如下：
从settings中进入如下页面，依次选择Project Structure，选择第一步Add Context Root，添加使用前需要索引的所有文件（比如，本人用的是Anaconda3解释器，每次打开pycharm，肯定需要重新索引），然后点击Excluded。也就是添加所有需要用到的文件，然后Excluded，避免打开是需要重新扫描文件。
解决一直在Updating问题，具体方法如下：
选择File->Invalidate Caches，点击红色框内的选项，也就是停止并重启。
最后，每次打开之后，pycharm需要等待的时间变短了，大概1-2分钟左右…