一. MITK是什么？
MITK是一个C++第三方库，由ITK(负责图形图像算法实现)，VTK(负责2D图像，3D图像的显示)，QT(用户界面，GUI实现)，BlueBerry(MITK核心框架主要由CTK组成，还包括CTK之上的类Eclipse RCP框架),CTK(OSGI 插件热插拔实现，负责plugin的加载与管理)，CppMicroServices(面向服务库，负责module的加载)，POCO(类Eclipse RCP框架的线程实现，主应用程序实现)等等第三方库组成的一个医学软件框架。
二.MITK文件结构
Applications
applications文件夹里面是几个应用程序，有标准工作台应用程序，workbench ， diffusion，coreapp等几个应用程序源码
大多数情况下我们都是用workbench，其他的基本不怎么用
CMake
该文件夹内存放的是一些第三方库的 findxxx.cmake文件及依赖文件，特别是PackageDepends文件夹下的cmake文件，实际上就是用于mitk本身的包管理
CMakeExternals
各种第三方库的编译，下载，安装文件，比如ANN.cmake
note:有的库有CMakeLists.txt，比如ANNCMakeLists.txt，这个文件的作用是：下载下来的ann源码可能没有cmakelists.txt文件或者CMakelists.txt文件的格式（安装位置，编译参数）不符合MITK的规范，用该CMakeLists.txt替换原有的来进行编译。
还有一些.patch文件，就是mitk可能修改了库的源码文件，使用该patch替换文件。
Plugins
MITK中的各种插件，注意下图红框标注出来的，这些插件就是Eclipse ECP的C++实现，我称之为MITK核心底层插件，查看相关eclipse文档。
剩下的是一些就是在核心插件之上构建的应用层插件。
modules
MITK模块文件夹，其中我懂的一些我大概注释下
CMakeLists.txt
定义各种外部库的使用和插件，模块的编译，安装，打包规则等等
SuperBuild.cmake
superBuild是cmake的概念，就是指生成项目构建器之前 生成项目依赖的第三方库的构建器的过程。
生成构建器是指 生成vs工程，或者GCC工程，或者mac下的xcode工程。
该文件里就是 MITK所依赖的所有第三方库的上层构建过程，包括如何知道那些第三方库要构建，构建前的patch等等工作，具体的构建过程是在CMakeExternals文件夹中的.cmake文件里。