zotero，文献管理工具中的VSCode
作为“最佳实践”的忠实拥趸，在我发现电脑上的paper已经很难用层级文件夹进行存放的时候，便开始尝试寻找一个“完美”的文献管理软件。我希望心目中的ta有下面这几个特点（按重要性排序）：
- 对文献进行有效归类：用层级文件夹进行管理的缺点在于检索、整理的困难。最好能够为文献打上不同的标签，并且根据标签进行检索。比如“object detection”、“GAN”、“导师让审的投稿”、“导师发的每次能引就引的文章”、“我的学术垃圾”等。
- 跨平台同步：我希望实验室台式机上没看完的文献，笔记本电脑上能接着读；笔记本上没读完的，平板电脑上能接着读；平板上没读完的，可以拉屎的时候用手机接着读。
- 灵活增添条目：我一般会在Google Scholar和arXiv上找文献。对于arXiv来说，基本都能直接下载到pdf文件，我希望可以高效地连基本信息带pdf一起丢进文献库。对于Google Scholar，有时不能直接下载原文，我希望可以先把基本信息丢进去，在acm dl / ieee access / 某hub上下好了pdf之后再补一手。
- 免费：最好可以免费享受到以上服务。
经过大量的文献调研（知乎），我发现使用比较广泛的文献管理软件有这么几个：EndNode（WoS家）、Mendeley（Elsevier家）、Zotero（开源野路子）、Citavi（瑞士人整的）。
他们似乎各有千秋，人气都很高，但一个跨平台甩出来，Citavi 首先应声落马。Citavi虽然看上去功能很强大，基本上是其他所有文献管理软件的并集（这也许就是瑞士军刀精神吧，俗称大杂烩），但是这家伙只支持Windows，对于Mac的官方支持是指导你装一个Windows虚拟机（不禁让我想起我校某在线教育平台），更别提什么手机平板了，这显然是让人无法接受的。EndNote 是付费软件，价格不菲且并不支持我需求最大的标签系统。剩下 Mendeley 和 Zotero 这两位候选者，我都试用了一下，然后基于我的需求做出了下面这个表：
| Mendeley | Zotero | |
|---|---|---|
| 条目增添方式 | 手动 / 浏览器插件 | 手动 / 浏览器插件 |
| 平台支持性 | 全平台（官方） | Windows、Mac、Linux（官方） iOS、android（第三方） |
| 云同步 | √ | √ |
| 云存储空间 | 2GB FREE 5GB $55/年 10GB $110/年 Unlimited $165/年 |
300MB FREE 2GB $20/年 6GB $60/年 Unlimited $120/年 |
| WebDAV | × | √ |
| 管理方式 | 文件夹 / 标签 | 文件夹 / 标签 / 便捷搜索 |
| RSS | × | √ |
| 插件 | × | √ |
作为一名程序员，我几乎毫不犹豫地选择了 Zotero。
WebDAV （我们就简单地认为是一种同步云盘协议）意味着我们可以使用其他廉价、快速的同步云盘代替官方的云同步系统，以避免高昂的空间购买费用和与国外服务器的通信障碍。我的电脑上，800多篇文献占用了3GB的空间，所以免费空间一定是不够用的（300MB简直是在闹，2GB也好不到哪去）。
插件 简直是开源社区的精髓所在。自定义插件给用户们提供了广阔的空间，极大扩展了软件本身的边界，想想我们用的Chrome和VSCode。
上面这两个优势，可以说吊打其他所有文献管理软件。当然，这种模式并不适合所有人，如果你是以下几种用户之一，我认为你可以更多地考虑其他优秀、成熟的文献管理软件：
- 不太愿意动手做定制，更希望“开箱即用”。
- 对跨平台性和云同步没有需求。
- iPad用户。（唯一可用的第三方App PaperShip同步功能失效了）
- 希望在文献管理软件内进行pdf的批注，或希望对pdf进行全文检索。（这是Zotero目前最欠缺的两个特性）
在这个指南中，我会详细地讲解Zotero中你会用到的几乎所有功能（添加、管理、导出文献等），并且教大家配合坚果云（20GB免费空间的同步云盘）通过Zotero中内置的WebDAV接口进行云同步的配置。最后，我们将简单地介绍Zotero中的插件机制，以及Zotero5中特色的RSS订阅功能。
安装Zotero
PC
在Zotero官网 https://www.zotero.org/download/ 安装客户端和浏览器插件（Connector）。
之后的讲解将以Zotero Mac客户端和Chrome插件为例，各平台都差不了太多。另外建议大家下好客户端之后，在设置里把语言调回成英文（如下图），以避免一些奇怪的翻译。
移动平台
如果你使用Zotero自带的云同步，可以通过直接访问Zotero网站 zotero.org 来进行文献库的获取和编辑，以及使用 Bookmarklet 在移动端浏览器上添加文献。
Zotero没有官方的移动端App。第三方App有：PaperShip (iOS，亲测同步功能用不了)、Zoo for Zotero (Android)、ZotDroid (Android)、ZotEZ2 (Android) 。如果使用WebDAV的方式进行云同步，则只能通过支持WebDAV的第三方App访问自己的文献库。
添加文献
Zotero添加文献主要有通过浏览器插件添加和手动添加两种方式。
通过浏览器插件添加
注意，通过这种方式添加需要保证Zotero客户端在运行状态。
安装好浏览器插件后，浏览器的插件栏会多出一个Zotero图标（空白页面下），如下图红框。
随手打开一篇arXiv上的文章，你会发现这个图标变成了一张纸的样子，这意味着Zotero插件检测到了一篇文献。点一下它，将出现下图中的提示框，Zotero说，我帮你把这个文献保存在“My Library”啦，除了它自身的信息之外，还有一个“Comment”，一个全文PDF文件，以及一个网页快照（Snapshot）。
打开Zotero，这篇文献已经出现在“My Library”中了，连同下载的所有附件。如果附件没有出现的话，你需要稍等片刻，因为PDF的下载可能需要一些时间。
现在我们打开一个Google Scholar搜索结果页面，你会发现这个图标变成了一个“文件夹”，因为Zotero在这个页面找到了多篇文献。点击文件夹图标，在弹出的窗口可以选择一篇或多篇文献加入文献库。
Amazing！打开Zotero，刚才选择的文献全部被加进来了！
即使在找不到文献的页面，Zotero也可以保存网页的快照（Snapshot）以供离线查看。这是个非常实用的功能，一些大佬的技术博客、公众号推送、发出来可能很快就不会存在的文章，都可以通过这种方式用Zotero统一管理，简直不能太方便。下面的图中我用这种方式保存了一篇GCN教程：
在知道有这个功能之后，我做的第一件事是保存了自己投过所有文章的review，以在骄傲自满的时候给自己沉重打击。
手动添加
手动添加最常用的情况是直接导入一个本地的PDF文件。方法是直接把PDF文件拖进Zotero界面，像下面这样。
Zotero会自动识别PDF中的各种元数据，自动填充条目信息：
并不是每一个PDF文件都能够识别得很准确，比如这篇Conference Paper就被识别成了Book Section，作者的顺序也不对。使用这种方法导入通常需要手动再进行一些修改。
当然，对于任何一个条目，除了修改基本信息之外，我们也可以手动为它添加各种附件。比如我们通过浏览器添加了一篇没有全文PDF的文献，我们可以通过这种方法为其加入自己下载的PDF。方法是右击条目，选择“Add attachment”。
这里“Attach Stored Copy of File”和“Attach Link to File”的区别是，前者会把这个文件复制一份丢进文献库，而后者只会把这个附件指向原文件（类似超链接）。
Zotero也支持直接通过ISBN、DOI、PMID或arXiv ID来添加文献。点击工具栏的“魔棒”图标，输入一个ISBN编码：
Zotero会去网上找这个编码对应的元数据，把它加进文献库：
最后，我们也可以纯手动添加条目，自己填写所有数据域、添加附件。点击工具栏的加号按钮，选择一个合适的类型即可。
管理文献
在文献管理上，Zotero有文件夹（collection）、标签（tag）和便捷搜索（saved search）三种方式。
文件夹（collection）管理
在Zotero客户端左边栏的“My Library”上右键选择“New Collection”（或者点击最左上角的按钮），新建一个文件夹：
Zotero里的文件夹和操作系统里是一样的，我们可以把文献在文件夹之间拖来拖去，还可以在文件夹下新建子文件夹，建立层级的树状结构：
如果只是使用collection，其实和你不用Zotero、在电脑上建一层一层的文件夹进行管理没有很大区别。我一般会用collection进行数据来源层级的区分（比如论文、公众号、网页等），再使用标签（tag）机制进行进一步的细粒度管理。
标签（tag）管理
我们可以对文献库中的文献添加一个或多个自定义的标签（tag）：
也可以在用浏览器插件添加文献时顺手添加：
Zotero支持最多为9个tag分别指定不同的颜色，做法是在界面左下角的tag面板中，右击一个tag，选择“Assign Color”。
如果一个文献被打上了带颜色的标签，这个颜色的色块也会被显示在文献标题中，一目了然，区别起来很方便！
现在，我们可以通过点击tag面板中的标签来实现对于文献的筛选了！
便捷搜索（saved search）
我们有时候需要对文献库进行一些搜索，针对关键词、标签，或者二者都有。但有些常用的搜索条件，我们不希望每次都重新输入，这时候便捷搜索功能（saved search）就是一个强大的工具。
右击“My Library”，选择“New Saved Search”。
在弹出的窗口中，输入检索条件，点击“OK”。比如这里我做了一个ICCV2019文章的搜索，限定会议名称包含“IEEE International Conference on Computer Vision”，日期是“2019”。当然这需要文献的元数据准确。
点击“OK”，我们会发现出现了这样带齿轮的紫色文件夹，这就是便捷搜索生成的结果。文件夹中包含了当前文献库中符合此条件的所有文献，如果新增添的文献符合搜索条件的话，也会自动出现在这里。
在工具栏点击搜索按钮，在弹出的高级搜索对话框中，也可以保存便捷搜索：
跨平台云同步
如果需要在不同平台、不同设备上维护同一个文献库，我们就需要云同步功能的加持。
在设置界面的“Sync”选项卡中输入自己的Zotero账号（在官网注册），点击“Set Up Syncing”就开启云同步了！
这里“Sync automatically”的意思是文献库发生变化的时候立刻自动同步；“Sync full-text content”是说同步全文内容，如PDF等附件。
我们开始的时候提到，Zotero免费云空间只有300MB，如果我们同时同步全文内容，可能只能同步100篇左右，这是远远不够的。Zotero良心地提供了WebDAV接口，允许我们使用其他支持WebDAV协议的同步云盘来代替默认的云空间来进行云同步操作。
在支持WebDAV的同步云盘中，最知名的当属Dropbox。但由于一些显而易见的原因，Dropbox已经无法从国内直接访问了。国内同步云盘中，支持WebDAV的只有 坚果云 一家。虽然名字听着有点野鸡，但是人家已经是十年的老牌公司了，服务质量非常可靠。不氪金的坚果云提供20GB的存储空间，每月1GB的上传流量和3GB的下载流量，对于文献同步盘个人使用已经足够了。即使不够用，只需200RMB/年即可获得42GB空间和无限上传下载流量，价格足够良心，把充腾讯视频会员的钱拿来管理文献，感觉自己立刻变得好学了起来。
首先我们需要去坚果云官网注册个人账号。注册好之后在坚果云个人中心的“账户信息”中找到“安全选项”选项卡。
在页面下方的“第三方应用管理”中添加一个应用，生成密码。
接下来打开Zotero的同步配置，在下方同步方式中选择“WebDAV”，填入刚才坚果云页面中给出的服务器地址和账户，密码就是刚才生成的应用密码。点击“Verify Server”可以验证信息是否填写正确，如果正确会跳出一个窗口提示你云盘上还没有zotero这个文件夹，问你要不要新建一个，选择“create”即可。
我一般会把的“Sync automatically”关掉，因为一些学术垃圾可能读完就删掉了，不想要占用额外的上传下载流量（白嫖坚果云有上传下载流量限制）。需要同步的时候点击右上方的同步按钮即可。
笔记系统
Zotero的笔记系统比较简单。由于Zotero没有内置PDF阅读器，所以PDF内部的高亮、标注等功能依赖用户的PDF阅读器。但Zotero允许我们给文献添加多篇笔记（note），在任意一篇文献的“Notes”选项卡中点击“Add”来添加笔记。
我们可以在出现的富文本编辑器中写简单的笔记。注意左边，文献的附件中出现了一条新的笔记。笔记也可以打标签，或是和文献一起被同步至云空间。
值得一提的是，你还可以在工具栏中，添加独立的笔记条目（standalone note），该条目不依赖于任何文献。这意味着，Zotero还可以当做一个笔记本/备忘录来用[呲牙]。通用性多强啊！
文献导出
选中一篇或多篇文献，右击菜单中有三种导出方式：Export Items、Create Bibliography from Items 和 Generate Report from Items。
其中：
- Export Items 可以将文献导出成不同的格式，包括BibTex、Bookmarks、CSV、Endnote XML等，也同时可以导出附件。我一般用来和他人分享文章，也可以用来在不同文献管理软件之间做数据迁移。
-
Create Bibliography from Items 就是我们在写论文时生成参考文献最常用的选项了。弹出的对话框中可以选择不同的参考文献格式和导出的形式（默认是复制到剪贴板）。
- Generate Report from Items 可以为这些文献生成一个固定格式的HTML report，里面有每篇文献的元数据。感觉没啥用，官方说可以用来“Reviewing Abstracts”、“Teaching”以及“Organizing Notes into Outlines”。
这里有一个小技巧——最便捷生成参考文献的方式，是直接把选中的文献拖动至文本编辑器中；或者按Cmd+Shift+C，再粘贴到文本编辑框中。这种方式输出的参考文献格式可以在设置的Export选项卡里更改，我改成了BibTex。下面的GIF展示了这种“Quick Copy”的特性，实在是方便得过分。
Zotero还提供了针对Word、LibreOffice的插件，以及对Google Docs的支持，如果你用以上工具写作，看看官方的介绍吧。
进阶1：RSS订阅
不用不知道，用了才发现，RSS和文献管理软件简直是绝配。众所周知，RSS可以用来订阅博客、新闻等网站的更新内容摘要。也众所周知，这玩意早就已经过气了。但是实际上，很多人没有发现，RSS在学术研究中还是很好用的。比如我们可以订阅arXiv某个方向的RSS，来获取这个方向最新的研究成果。
Zotero5中加入了RSS订阅功能。点击工具栏的“New Library”按钮，选择“New Feed” - “From URL”。
弹出的窗口中，我们填写RSS源的信息。这里以arXiv为例，订阅cs.CV方向的最新论文。设置数据抓取的时间间隔（Update feed every）以及已读/未读项目被淘汰掉的时间（Remove read/unread feed items after）。
设置好后，在“Feeds”这个Library下出现了我们的订阅，学术界最新进展尽在掌握。对于其中的每一个文献，我们可以标为已读/未读（Mark As Read/Unread）。如果看了摘要觉得可以进一步读下去，还可以放进文献库（Add to “My Library”）。对于arXiv这个源，当你放进文献库的时候，还会自动下载PDF原文，非常方便。
进阶2：Zotero插件
最后简单地讲一下Zotero的插件系统。正如我们前面所说，插件极大扩展了软件的边界，增强了使用的定制感。Zotero插件也不例外。Github上有下面几个高星Zotero插件：
- zotfile 更好的附件管理。提供自动的文件重命名功能，以及可以更便捷地为条目添加附件等。
- zotero-better-bibtex 提供了更强大的BibTex支持，如稳定的citation key自动生成、可自定义的citation key、*度更高的导出等等。
- zotero-scihub 顾名思义，自动帮你去某hub上找原文。
- zotero-scholar-citations 自动从Google Scholar扒引用数，这样就可以根据引用数排序或筛选了！
插件的安装方式是在工具菜单选择“Add-ons”，点击右上角的设置图标，选择“Install Add-on From File”，导入下载好的.xpi插件包即可。
希望大家都可以享受Zotero带来的科研快感。虽然Zotero目前还有很多缺陷和问题（移动端App、PDF标注、文件内搜索…），还不能挺直腰杆说是目前最好的文献管理解决方案，但我相信它是最有活力、最有前景的一个。最后的最后大胆猜想一下，看看会不会梦想成真：
- 半年内会出现好用的Markdown插件
- 半年内会出现对Overleaf的支持
- 一年内会有Zotero官方移动版
拭目以待。彼时距离Zotero一统江湖不久矣！