从 ArcGIS Server 10.1版本开始，关于端口号和应用程序实例名的修改，建议安装Web Adaptor，在 Web Adaptor中进行配置。
下载Web Adaptor并安装，安装过程不再赘述。
一、仅HTTP，并自定义端口
1、打开IIS，右击Default Web Site -> 选择 编辑绑定，默认http的端口是80
点击编辑，设置自己的端口号，如：1234。
2、打开Web Adaptor（我的是10.2的，很老的版本了-.-），输入URL、用户名和密码，点击配置即可。记得勾选 “通过 Web Adaptor 启用对站点的管理访问”，否则不能通过该端口访问manger页面。
配置成功后，我们通过 http://localhost:1234/arcgis/manager/ 就可以访问server manager了。
二、保留HTTP的6080端口，自定义HTTPS的端口。
1、 创建自签名证书
打开IIS –> 双击服务器证书 -> 点击创建自签名证书 –> 输入名称点击确定 -> 右击Default Web Site选择 编辑绑定 –> 点击添加，类型选择https，输入端口号，SSL证书选择刚才创建的自签名证书；
2、 设置允许http和https访问
打开server的admin页面，链接如:http://localhost:6080/arcgis/admin 找到下图的位置，选择http and https，然后update
3、 配置WebAdaptor
在WebWdaptor中配置ArcGIS Server，输入相应参数点击配置即可。
最后，我们在浏览器中输入http://localhost:6080/arcgis/manager 和 https://localhost:25091/arcgis/manager 都可以访问server
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不是很推荐的方法
参考文档：http://resources.arcgis.com/zh-cn/help/main/10.1/index.html#//015400000590000000
1、停止 ArcGIS Server。
2、打开文件 server.xml。位置：D:\Program Files\ArcGIS\Server\framework\runtime\tomcat\conf（建议在开始之前，保存一份 server.xml 文件备份。）在 server.xml 文件中，用 ArcGIS Server 要用的端口号替换 6080 所有实例，如：6090。
3、如果想要一个设置不同的 HTTPS 端口，用所选的 HTTPS 端口替换 6443 所有条目。保存并关闭 server.xml 文件。
4、打开 “机器名.json”文件 （建议在开始之前，保存一份 json文件备份。）找到属性 adminURL 并进行编辑，以便使用上述步骤 2 中为 ArcGIS Server 设置的同一端口。保存并关闭 .json 文件。
5、启动 ArcGIS Server。修复开始菜单快捷方式以使用新端口号。
打开 Windows 资源管理器并浏览至 “ArcGIS for Server 安装目录”\Support。在文本编辑器（如记事本）中打开名为 Manager 的文件。该文件中有一行含有管理器的 URL。在文件内容中，将端口 6080 改为上述所选的新端口号。保存并关闭“管理器”文件。
以同样的方式更新以下快捷文件，以便使用新端口。
RestSDK
ServerHelp
ServicesDirectory
SoapSDK