（1）GO数据库存储结构详解（从数据库构建角度解析）

时间：2024-03-16 14:01:33

本文主要详解Gene Ontology数据库的存储结构，为之后开发相应数据库提供数据库的设计参考

1.GO数据库的总体存储结构

GO数据库的存储结构主要分为四种：termdb,assocdb,seqdb,以及full GO database ；具体区别如下：

  • termdb（每日更新）: a database containing just the information on the GO terms and relationships.(内容：ontologies, definitions and mappings to other dbs)
  • assocdb（每周更新）: a database containing both the GO vocabulary and associations between GO terms and gene products. This database subsumes termdb.(内容：all manual gene product annotations; electronic annotations (IEA) from all databases other than UniProtKB)
  • seqdb（每周更新）: a database containing GO terms, gene products and the sequences associated with these gene products. This db subsumes the two above.（内容：在包含前两个数据库内容的基础之上，增加了： plus protein sequences for most of the gene product）
  • full GO database（每月更新）: termdb (above), plus manual and electronically generated (IEA) annotations.

2.不同数据库的表（table）的设计存在包含关系

基本上seqdb的数据包含了assocdb,assocdb的数据又包含的termdb，即：
seqdb>assocdb>termdb
GO的整个数据库中主要有14张表
绘制成思维导图展示，是这样：
（1）GO数据库存储结构详解（从数据库构建角度解析）

3.GO数据库提供了基于MYSQL的GO数据库的本地下载

MYSQL数据库的存储包括8个模式（schema）

go_associations
go_audit
go_general
go_graph
go_homology
go_meta
go_optimisations
go_sequence

官网详细给出了每个模式下，不同的表的设计（包括表的外键、主键等等的定义）：http://geneontology.org/page/go-mysql-database-schema
以go_association这个schema下的go_associations.association表为例：
（1）GO数据库存储结构详解（从数据库构建角度解析）
GO数据库的官网也提供了E-R图：
（1）GO数据库存储结构详解（从数据库构建角度解析）

所以说GO整体数据库的设计还是比较复杂，sqlite只是GO数据库的一个迷你版

参考资源：
http://geneontology.org/page/go-mysql-database-guide GO的mysql数据库介绍（含ER图）
http://geneontology.org/page/go-mysql-database-schema GO数据库的schema设计

相关文章