聚类分析根据对象之间的相异程度，把对象分成多个簇，簇是数据对象的集合，聚类分析使得同一个簇中的对象相似，而与其他簇中的对象相异。相似性和相异性（dissimilarity）是根据数据对象的属性值评估的，通常涉及到距离度量。相似性（similarity）和相异性（dissimilarity）是负相关的，统称为临近性（proximity）。
在聚类分析中，聚类算法的第一步都是度量数据集对象之间的距离，实际操作步骤是：对数据矩阵（用于存储数据对象）进行无量纲化处理，应用距离算法，得到相异性矩阵（用于存放数据对象的相异性值）。
注意：在计算距离之前，首先对数据进行无量纲化处理。
一，数据矩阵和相异性矩阵
假设我们有n个对象（如人），被p个属性（又称维或特征，如年龄、身高、体重或性别）刻画，这些对象记作x1=（x11，x12，…，x1p)，x2=（x21，x22，…，x2p)，等等，其中xij是对象xi的第j个属性的值，对象xi也称作对象的特征向量。把xi的集合叫做数据矩阵，各个对象之间的距离构成的矩阵，叫做相异性矩阵，通常情况下，常用的聚类算法都需要在这两种数据结构上运行。
1，数据矩阵
数据矩阵（data matrix）或称对象-属性结构：这种数据结构用关系表的形式或n×p（n个对象×p个属性）矩阵存放n个数据对象：
2，相异性矩阵
相异性矩阵（dissimilarity matrix）或称对象-对象结构：存放n个对象两两之间的邻近度（proximity)，通常用一个n×n矩阵表示：
其中d(i，j)是对象i和对象j之间的相异性或“差别”的度量，一般而言，d(i，j)是一个非负的数值，对象i和j彼此高度相似或“接近”时，其值接近于0；而越不同，该值越大。注意，d(i，i)=0，即一个对象与自己的差别为0。此外，d(i，j）=d(j，i)。（为了易读性，我们不显示d(j，i)，该矩阵是对称的。）
数据矩阵由两种不同类型的实体或“事物”组成，即行（代表对象）和列（代表属性）。因而，数据矩阵经常被称为二模（two-mode）矩阵。相异性矩阵只包含一类实体，因此被称为单模（one-mode）矩阵。许多聚类和最近邻算法都在相异性矩阵上运行，对于基于距离的相异性矩阵，可以使用stats包中的dist()函数把数据矩阵转换为相异性矩阵。
二，数值属性的距离度量
1，欧几里得距离
聚类算法中最常用的距离度量，表示空间中两点之间的直线距离：
由于特征向量的各分量的量纲不一致，通常需要先对各分量进行标准化，使其与单位无关，比如，对身高（cm）和体重（kg）两个单位不同的指标使用欧式距离可能使结果失效。
缺点：没有考虑分量之间的相关性，体现单一特征的多个分量会干扰结果。
2，最大距离（切比雪夫）
国际象棋玩过吗？国王走一步能够移动到相邻的8个方格中的任意一个，那么国王从格子(x1,y1)走到格子(x2,y2)上，最少需要多少步？你会发现最少步数总是max( | x2-x1 | , | y2-y1 | ) 步 。
3，曼哈顿距离
之所以如此命名，是因为它是城市两个点之间的街区距离，想象你在曼哈顿要从一个十字路口开车到另外一个十字路口，驾驶距离是两点间的直线距离吗？显然不是，除非你能穿越大楼，实际驾驶距离就是这个“曼哈顿距离”，而这也是曼哈顿距离名称的来源， 曼哈顿距离也称为城市街区距离(City Block distance)，例如，向南2个街区，横过3个街区，共计5个街区。
4，兰氏距离（Lance距离）
兰氏距离克服了量纲的影响，但没有考虑指标间的相关性。
5，闵科夫斯基距离
闵科夫斯基距离需要用到参数p，
其中p是一个变参数，根据变参数的不同，闵氏距离可以表示一类的距离：
- 当p=1时，就是曼哈顿距离
- 当p=2时，就是欧氏距离
- 当p→∞时，就是最大距离
闵氏距离的缺点主要有两个：(1) 将各个分量的量纲(scale)，也就是“单位”当作相同的看待了，(2) 没有考虑各个分量的分布（期望，方差等)可能是不同的。
6，马氏距离
马氏距离的优点：量纲无关，排除变量之间的相关性的干扰，缺点是：不同的特征不能差别对待，可能夸大弱特征。
适用场合：
1、度量两个服从同一分布并且其协方差矩阵为C的随机变量X与Y的差异程度
2、度量X与某一类的均值向量的差异程度,判别样本的归属。此时，Y为类均值向量.
使用R语言实现马氏距离：
dist_mashi <-function(a,b){ return (((a-b)%*% t(t(a-b))) / cov(a,b)) }
三，类别属性的相异性
类别属性（也叫做标称属性）把数据分成有限的分组，如何计算类别属性所刻画的对象之间的相异性呢？两个对象 i 和 j 之间的相异性可以根据不匹配率来计算：
其中，m是匹配的数目（即对象 i 和 j 取值相同的属性数），而p是刻画对象的属性总数，我们可以通过赋予m较大的权重来增加m的影响。
例如，包含标称属性的表，只有一个标称属性，p值等于1，设置m值为1：
当对象i和j匹配时，相异度量 d(i, j)=0，当对象i和j不匹配时，相异度量 d(i, j)=1，得到相异矩阵：
四，混合类型属性的相异性
如何计算混合属性类型的对象之间的相异性？一种更可取的方法是：把所有属性类型一起处理，把不同的属性组合到单个相异性矩阵中，把所有有意义的属性转换到共同的区间 [0.0, 1.0] 上。
假设数据集中包含p个混合类型的属性，对象i和j之间的相异性 d(i, j) 定义为：
对数值属性进行规范化处理，把变量值映射到区间[0.0, 1.0]，使得所有的属性值都映射到区间[0.0, 1.0]，然后再计算数值属性的距离。
五，R函数计算相异矩阵
使用R计算距离时，常用的函数是stats包中dist()和 cluster包中的daisy()，dist()用于计算数值属性的相异性矩阵，而daisy()函数用于计算（对称或非对称）二元（binary）属性、标称（nominal）属性、有序（ordinal）属性、数值属性和混合属性的相异性矩阵。
1，使用dist()函数计算相异性矩阵
stats包中的dist()函数用于计算两个数值型观测值之间的距离：
dist(x, method = "euclidean", diag = FALSE, upper = FALSE, p = 2)
该函数计算并返回通过使用指定的距离度量计算的距离矩阵，以计算数据矩阵的行之间的距离。
参数注释：
-
method：度量距离的方法，默认值是"euclidean"，可用的方法是：
"euclidean"、"maximum"、"manhattan"、"canberra"、"binary"和"minkowski"，中文名称分别是：欧几里得、最大距离、曼哈顿、兰氏距离、二元距离和闵科夫斯基距离。 - diag：逻辑值，是否绘制距离矩阵的对角线（diagonal）
- upper：逻辑值，是否绘制距离矩阵的上三角（upper triangle）
- p：用于闵科夫斯基距离，指定power值
dist()方法返回一个下三角矩阵，使用as.matrix()函数可以使用标准中括号得到距离。
d <- dist(x)
m <- as.matrix(d)
2，使用daisy()函数计算相异性矩阵
cluster包中的daisy()函数用于计算数据集中两个观测值之间的距离。当原始变量是混合类型，或者设置metric="gower"时，daisy()都会使用Gower公式计算数据集的相异型矩阵。
daisy(x, metric = c("euclidean", "manhattan", "gower"), stand = FALSE, type = list(), weights = rep.int(1, p), ...)
参数注释：
- x：数值矩阵或数据框，数值类型的变量被识别为区间缩放变量，因子类型的变量被识别为标称属性，有序因子被识别为有序变量，其他变量类型需要在type参数中指定。
- metric：字符类型，有效值是 "euclidean" (默认值)、 "manhattan" 和 "gower"。
- stand：逻辑值，在计算相异性之前是否按列对数据进行标准化
- type：list类型，用于指定x中变量的类型，有效的列表项是"ordratio" (用于序数变量),、"logratio" (用于对数转换)、"asymm" (用于非对称二元属性) 和"symm" (用于对称二元属性和标称属性).
- weights：数值向量（长度是x的列的数量 p=ncol(x)），用于混合类型的变量（或 metric="gower"），指定每个变量的权重，默认的权重是1。
函数描述：
daisy()通过使用Gower相异系数（1971）来实现对标称、序数和二元属性数据的处理。如果x的变量是标称、序数和二元类型的数据，那么函数将忽略metric和stand参数，使用Gower 系数计算数据矩阵的距离。对于纯数值数据，也可以通过设置metric="gower"来计算相异性矩阵，计算的流程是先对数据对象进行标准化，标准化的算法是：(x-min)/(max-min)，把数据缩放到范围[0.0, 1.0]中。
参考文档：
数据挖掘基础：度量数据的相似性和相异性
相似性度量（距离及相似系数）
R语言:计算各种距离
数据挖掘：概念与技术--笔记1--度量数据的相似性与相异性