以下是在论坛整理出来的答案：
1.从编译过来来看，JAVA是将.java文件编译成.class文件，运行的时候再由java虚拟机将.class文件进一步编译成对应的机器码进行指令调用。而c语言会预编译成预编译文件，再编译成汇编语言，二进制文件。直接和机器打交道。运行时中间省略了java的很多步骤。
2.C程序大部分时间会比Java快，但是获得的效率有限。Java较慢主要是JIT编译器需要时间编译Java字节码，以及gc可能影响效率，不过现在的Java比起以前以及大有改观了。
3.由于JIT技术的进步，纯计算上Java和C差距很小，但是Java和C的代码不可能完全等效，因为两者内存管理的机制不同，C可以完全控制内存管理，而Java主要靠JVM的GC功能，这导致Java的运行效率比较稳定，而C的运行效率和代码质量密切相关。高质量的C会比高质量的Java快，但低质量的C很可能回比低质量的Java更慢。
其实单纯比速度并不是特别公平，因为Java天生有多线程（JIT和GC），而且内存使用量一般Java明显要多。
4.C语言是编译型的语言，而JAVA语言则是解释型的语言，因此JAVA语言要被翻译二进制的语言代码后，计算机方能辨识并执行。一般来说呢，c语言是比Java要快，不过因为c语言运行的过程是进程型的，而Java语言是线程型的，因此如果客户的访问量非常大，那么反而java显得更合适。
【引申】
C语言是编译型的语言，Java语言则是半编译半解释型的语言。两者层次不一样，决定了运行速度不一样。那既然C语言运行速度更快还要用Java呢？因为Java的面向对象封装特性有利于提高软件的开发速度和编程感受。
举个栗子：
人需要吸收能量才能正常生活，直接喝葡萄糖、氨基酸更容易吸收、节省时间呀，但为什么人们还是喜欢做出各种菜肴慢慢品尝呢？因为虽然葡萄糖、氨基酸吸收快、转换效率高，但是不好吃呀，不能满足人们的审美需求，所以才需要更高级的食物，逐步消化，最后同样达到为人体提供能量的目的。【此处我并不认为他举的例子很妥帖，但是想要表达的意思，还是能勉强理解】
总结：
如果注重运行效率，觉得葡萄糖、氨基酸不难吃的话，用C语言写大程序完全没问题，C语言同样可以实现面向对象。如果注重开发速度，不想加班，想吃更好吃的菜肴，就应该选择例如Java这类强封装性的语言。
5.C快是毋庸置疑，不过我认为运行时编译这点性能损失可以忽略的，编译只有一次，之后的调用就是直接执行CPU指令，而java的编译优化很强，有些情况编译出的CPU指令比C还少，不过java的内存占用是真大。
6.从最根本上说，就是同样的代码，经过编译后java程序要比C程序的二进制代码多，所以cpu必须花更多的时间去运行这些代码，至于为什么多，就是java的编译器要做很多其他的操作，这些操作为程序员提供了方便，但也增加了代码的数量。
7.C和Java的运行效率现在对比起来应该没有太大差别了吧
另外，Java应用领域和C的大不相同，应用程序运行的瓶颈一般不在自己本身了。
【比如】一个功能模块，C 程序运行要1毫秒，Java运行要10毫秒，但这个模块需要与一台远程主机进行通信，或者要进行大量的数据库访问，几个来回要100毫秒。在这种情况下，怎么提高通信效率，减少通信次数，或者进行数据库优化才是应该主要关注的。这也是Java应用程序主要关注的问题。
还有，单纯的考虑程序运行快慢问题肯定是不够的。比如两个功能相同的系统，A系统响应一次用户的请求要10毫秒，B系统响应一次客户请求要100毫秒，而现实中，10毫秒和100毫秒对人来说基本上分别不出来；另外，如果A系统初始上线时非常快，但半年到一年之后，响应速度明显下降，而B系统初始上线响应不如A快，但两三年之后还是保持相同的响应效率；或者，10来人同时使用时，A平均10毫秒，B平均100毫秒，但同时100人使用时呢？