Origin 9.0 为图形和数据分析提供多种窗口类型。这些窗口包括Origin 多工作表工作簿(Workbooks)窗口、多工作表矩阵(Matrix)窗口、绘图窗口(Graph)、Function graphs窗口、Excel工作簿窗口、版面布局设计窗口、记事本窗口。
在日常操作中，最重要的是 Workbooks 数据表窗口(用于导入、组织和变换数据)和Graph图形窗口(用于作图和拟合分析)。而一个项目文件中的各窗口是相互关联的，可以实现数据的实时更新。当工作表中的数据被改动之后，其变化能立即反映到其他窗口中去，比如当工作表格窗口中数据发生变化，那么绘图窗口中所绘数据点可以立即得到更新。
工作簿(Workbooks)是Origin 最基本的子窗口，其主要的功能是组织处理输入、存放和组织Origin中的数据，并利用这些数据进行导入、录入、转换、统计和分析，最终将数据用于作图。Origin中的图形除特殊情况外，图形与数据具有一一对应的关系。
运行Origin后看到的第一个窗口就是Workbooks窗口。每个工作簿中的工作表可以多达121个，而每个工作表最多支持100万行和1万列的数据，每个列可以设置合适的数据类型和加以注释说明，如图1所示。
默认的标题是 Book1，通过鼠标右键单击project Explorer（在view中）标题栏中选择 Rename 命令可将其重命名。工作表窗口最上边一行为标题栏，A、B、C和D等是数列的名称，X和Y是数列的属性。其中，X表示该列的自变量，Y表示该列的因变量。
通过鼠标左键双击数列的标题栏，可以打开“Column Properties”对话框改变这些设置，可以在表头加入名称、单位、备注或其他特性。
工作表中的数据可直接输入，也可以从外部文件中导入或者通过编辑公式换算获得，最后通过选取工作表中的列完成绘图。
例如，按照图中所示在工作表输入数据并设置数列的属性，然后选中 A(X)、B(Y)列数据，在二维绘图工具栏中单击“Line+Symbol”按钮
，则会出现如图2所示的二维线图。
Graph是Origin中最重要的窗口，相当于图形编辑器，是把实验数据转变成科学图形并进行分析的空间，用于图形的绘制和修改。
绘图(Graph)窗口共有60多种作图类型可以选择，以适应不同领域的特殊作图要求，也可以很方便地定制图形模块。
一个图形窗口是由一个或者多个图层(Layer)组成，默认的图形窗口拥有第1 个图层，每一个绘图窗口都对应着一个可编辑的页面，可包含多个图层，还有多个轴、注释及数据标注等多个图形对象。图1 所示为一个具有4个图层的典型绘图窗口。
以Line+Symbol为例简述作图过程：
1、首先选择Worksheet(假设数据表中有4个列的数据)，然后选择Line+Symbol作图类型(直接在工具栏选择按钮
或者打开Plot菜单选择)。
2、在弹出的Plot Setup 对话框中进行如下设置，如图2所示。即将X 下的方框选中表示将A列定位x轴，即自变量，其余列定为y轴，作为因变量。
3、单击OK按钮生成图形。由于有1个x值、3个y值，因此得到的图中有3组曲线，如图3所示。
Graph 窗口默认名称为 Graph 1，同样通过Rename 命令可以进行重命名。右上角的图例说明了曲线与各组数据的相对应关系，本例中用点线图显示各组曲线，也可以改成其他样式，如Line(直线)型、Scatter(散点)型等，对点、线的大小、颜色、形状等属性也可重新设定。
系统默认只显示左和下两坐标轴，右和上的两坐标轴可在属性对话框中修改使之呈现，通过双击坐标轴可重新设定可得大小、间隔、精密度等，坐标轴名称也可双击进行修改。
多工作表矩阵(Matrix)窗口与Origin中多工作表工作簿相同，多工作表矩阵窗口也可以由多个矩阵数据表构成，是一种用来组织和存放数据的窗口。当新建一个多工作矩阵窗口时，默认矩阵窗口和工作表格分别以“MBook1”和“MSheet1”命名。
矩阵数据表没有显示x、y数值，而是用特定的行和列来表示与x和y坐标轴对应的z值，可用来绘制等高线、3D图和三维表面图等。
其列标题和行标题分别用对应的数字表示，通过Matrix 菜单下的命令可以进行矩阵的相关运算，如转置、求逆等，也可以通过矩阵窗口直接输出各种三维图。
Origin有多个将工作表转变为矩阵的方法，如在工作表被激活时，选取菜单命令，执行菜单命令Worksheet→Convert to Matrix，如图1和图2所示。
Origin9.0中的版面布局设计(Layout page)窗口是用来将绘出的图形和工作簿结合起来进行展示的窗口。当需要在版面布局设计窗口展示图形和工作簿时，通过执行菜单命令 File→New→Layout 命令，如图1所示；或单击标准工具栏中按钮
，在该项目文件中新建一个版面布局设计窗口，在改版面布局设计窗口中添加图形和工作簿等。
在版面布局设计窗口里，工作簿、图形和其他文本都是特定的对象，除不能进行编辑外，可进行添加、移动、改变大小等操作。用户通过对图形位置进行排列，可使之自定义版面布局设计窗口，以 PDF 等格式输出。图2所示为已具有图形、工作簿和文字的典型版面设计窗口。
由于Excel软件的广泛应用，因此Origin使用了内嵌的方式提供对Excel电子表格数据的支持。在Origin中使用作图几乎与使用自身的Workbooks进行作图一样方便，如图1所示。
在Origin 中通过新建或打开表，激活Excel Workbook 后，菜单栏同时出现Excel 和Origin 的命令。因此菜单包括了Excel 和Origin 的功能，大大方便了与办公软件的数据交换，相关用法将在后面进行详细的讨论。
记事本窗口是Origin用于记录用户使用过程中的文本信息，它可以用于记录分析过程，与其他用户交换信息。
与Windows的记事本类似，其结果可以单独保存，也可以保存在项目文件里。单击标准工具栏中按钮
，则可以新建一个“Notes”记事本窗口，如图1所示。
用于绘制函数图像，在file-new-function plot可以绘制二维，三维的函数以及参数函数功能类似于matlab的funtool工具箱，但是funtool只能绘制二维函数图像。
