一、基于SNPs和INDELs估计遗传距离
Plink --file --distance-matrix --recode --out Distance.out
生成两个文件：
1. Distance.out.mdist
2. Distance.out.mdist.id
二、接下来基于遗传距离矩阵构建系统进化树软件使用
/lustre/softs/phylip neighbor （邻接法）,输入mdist文件,生成outfile和outree
三、使用Figtree对outree聚类树的可视化
引自：Mingzhou Li at al., Nature genetics
