1. hibernate是全自动，而mybatis是半自动。
hibernate完全可以通过对象关系模型实现对数据库的操作，拥有完整的JavaBean对象与数据库的映射结构来自动生成sql。而mybatis仅有基本的字段映射，对象数据以及对象实际关系仍然需要通过手写sql来实现和管理。
2. hibernate数据库移植性远大于mybatis。
hibernate通过它强大的映射结构和hql语言，大大降低了对象与数据库（oracle、MySQL等）的耦合性，而mybatis由于需要手写sql，因此与数据库的耦合性直接取决于程序员写sql的方法，如果sql不具通用性而用了很多某数据库特性的sql语句的话，移植性也会随之降低很多，成本很高。
3. hibernate拥有完整的日志系统，mybatis则欠缺一些。
hibernate日志系统非常健全，涉及广泛，包括：sql记录、关系异常、优化警告、缓存提示、脏数据警告等；而mybatis则除了基本记录功能外，功能薄弱很多。
4. mybatis相比hibernate需要关心很多细节
hibernate配置要比mybatis复杂的多，学习成本也比mybatis高。但也正因为mybatis使用简单，才导致它要比hibernate关心很多技术细节。mybatis由于不用考虑很多细节，开发模式上与传统jdbc区别很小，因此很容易上手并开发项目，但忽略细节会导致项目前期bug较多，因而开发出相对稳定的软件很慢，而开发出软件却很快。hibernate则正好与之相反。但是如果使用hibernate很熟练的话，实际上开发效率丝毫不差于甚至超越mybatis。
5. sql直接优化上，mybatis要比hibernate方便很多
由于mybatis的sql都是写在xml里，因此优化sql比hibernate方便很多。而hibernate的sql很多都是自动生成的，无法直接维护sql；虽有hql，但功能还是不及sql强大，见到报表等变态需求时，hql也歇菜，也就是说hql是有局限的；hibernate虽然也支持原生sql，但开发模式上却与orm不同，需要转换思维，因此使用上不是非常方便。总之写sql的灵活度上hibernate不及mybatis。
总结：
mybatis：小巧、方便、高效、简单、直接、半自动
hibernate：强大、方便、高效、复杂、绕弯子、全自动
mybatis：
1. 入门简单，即学即用，提供了数据库查询的自动对象绑定功能，而且延续了很好的SQL使用经验，对于没有那么高的对象模型要求的项目来说，相当完美。
2. 可以进行更为细致的SQL优化，可以减少查询字段。
3. 缺点就是框架还是比较简陋，功能尚有缺失，虽然简化了数据绑定代码，但是整个底层数据库查询实际还是要自己写的，工作量也比较大，而且不太容易适应快速数据库修改。
4. 二级缓存机制不佳。
hibernate：
1. 功能强大，数据库无关性好，O/R映射能力强，如果你对Hibernate相当精通，而且对Hibernate进行了适当的封装，那么你的项目整个持久层代码会相当简单，需要写的代码很少，开发速度很快，非常爽。
2. 有更好的二级缓存机制，可以使用第三方缓存。
3. 缺点就是学习门槛不低，要精通门槛更高，而且怎么设计O/R映射，在性能和对象模型之间如何权衡取得平衡，以及怎样用好Hibernate方面需要你的经验和能力都很强才行。
举个形象的比喻：
mybatis：机械工具，使用方便，拿来就用，但工作还是要自己来作，不过工具是活的，怎么使由我决定。??
hibernate：智能机器人，但研发它（学习、熟练度）的成本很高，工作都可以摆脱他了，但仅限于它能做的事。??
通过上篇介绍mybatis与hibernate区别，我们已经能得出一些mybatis的优缺点，但那只是相对于hibernate的，并不全面，我来继续总结mybatis的优缺点，以便大家对于mybatis的了解能更全面些。但我所说的优缺点，仅是我个人总结并结合使用体验后得出的结果，并不能代表大众想法，因此才以“浅谈”作为文章标题。如果大家的见解与我不同，欢迎积极提出来一块讨论，我也借以弥补自己认识的不足和短见。
优点：
1. 易于上手和掌握。
2. sql写在xml里，便于统一管理和优化。
3. 解除sql与程序代码的耦合。
4. 提供映射标签，支持对象与数据库的orm字段关系映射
5. 提供对象关系映射标签，支持对象关系组建维护
6. 提供xml标签，支持编写动态sql。
缺点：
1. sql工作量很大，尤其是字段多、关联表多时，更是如此。
2. sql依赖于数据库，导致数据库移植性差。
3. 由于xml里标签id必须唯一，导致DAO中方法不支持方法重载。
4. 字段映射标签和对象关系映射标签仅仅是对映射关系的描述，具体实现仍然依赖于sql。（比如配置了一对多Collection标签，如果sql里没有join子表或查询子表的话，查询后返回的对象是不具备对象关系的，即Collection的对象为null）
5. DAO层过于简单，对象组装的工作量较大。
6. 不支持级联更新、级联删除。
7. 编写动态sql时,不方便调试，尤其逻辑复杂时。
8 提供的写动态sql的xml标签功能简单（连struts都比不上），编写动态sql仍然受限，且可读性低。
9. 若不查询主键字段，容易造成查询出的对象有“覆盖”现象。
10. 参数的数据类型支持不完善。（如参数为Date类型时，容易报没有get、set方法，需在参数上加@param）
11. 多参数时，使用不方便，功能不够强大。（目前支持的方法有map、对象、注解@param以及默认采用012索引位的方式）
12. 缓存使用不当，容易产生脏数据。
总结：
mybatis的优点其实也是mybatis的缺点，正因为mybatis使用简单，数据的可靠性、完整性的瓶颈便更多依赖于程序员对sql的使用水平上了。sql写在xml里，虽然方便了修改、优化和统一浏览，但可读性很低，调试也非常困难，也非常受限，无法像jdbc那样在代码里根据逻辑实现复杂动态sql拼接。mybatis简单看就是提供了字段映射和对象关系映射的jdbc，省去了数据赋值到对象的步骤而已，除此以外并无太多作为，不要把它想象成hibernate那样强大，简单小巧易用上手，方便浏览修改sql就是它最大的优点了。
mybatis适用于小型且程序员能力较低的项目和人群使用，对于中大型项目来说我并不推荐使用，如果觉得hibernate效率低的话（实际上也是使用不当所致，hibernate是实际上是不适用于拥有高负载的工程项目），还不如直接用spring提供的jdbc简单框架（Template），同样支持对象映射。