方法可行且简单明了，转载以记之。
转自http://www.cnblogs.com/jifeng/archive/2012/10/17/2728690.html
一、WTP本身的Web应用服务器管理功能
WTP支持几乎所有Web应用服务器，支持的Web应用服务器种类请看下图。
如果不包括你想要的Web应用服务器，可以点击图片中的“Download additional serer adapters”添加支持其它的Web应用服务器，种类很丰富
。
WTP本身的Web应用服务器管理功能功能挺多，相驾驭它还是有点复杂的，下面就学习如何驾驭它。
使用它来发布我的web应用程序到Tomcat中并运行起来，停止、重起、调试模式启动Tomcat、清理再发布，等等。
二、安装Tomcat
1、解压两个解压版的Tomcat6，到本地硬盘。
并行项目多，JNDI数据源不同，所以在使用两个Tomcat
JDK，和JAVA_HOME环境变量已正确配置
具体操作，略。
2、在Eclipse中配置上这两个Tomcat,如下图：
三、创建Wtp的Tomcat管理配置项目
打开Eclipse的Servers视图。在空白处右击，选“New”–“Server”,用于创建Wtp的Tomcat管理配置。
我这里，添加了两个 Wtp的Tomcat server管理配置项目。
删除 Wtp的Tomcat server管理配置项目时， 要停止所有的Tomcat server 才能成功，不然有报错，有残留。
同时在“包视图”也多了一个叫Servers的“项目”，它与我们自己开发的项目是并列的。其中Tomcat的配置文件都在这里。已后想修改Tomcat的配置文件，就应该在这里修改，不要直接修改原Tomcat安装目录的配置文件。
我们按Servers视图中的“Publish to the server”按钮，就会把Eclipse管理的Tomcat的配置文件，同步到物理Tomcat的目录中。
分两中情况：
1、把Eclipse管理的Tomcat的配置文件，同步到Tomcat的物理安装目录中。
2、把Eclipse管理的Tomcat的配置文件，同步到一个Eclipse的深层目录（很深），Tomcat使用这份配置文件启动，而不修改原Tomcat安装目录的配置文件。
我们在最后面选择了 第1种。
“包视图”中这个叫Servers的“项目”是可以删除的，当发生了删除 Wtp的Tomcat server管理配置项目失败，而有残留时，请删除“包视图”中这个叫Servers的“项目”。在新建 Wtp的Tomcat server管理配置项目 时，又会再出来。
四、配置 Wtp的Tomcat server管理配置项目
在Servers视图中， 双击新添加的 Wtp的Tomcat server管理配置项目，打开如下界面：
看上图中， 几个红色部分是重点。
默认情况是：
如果不修改这里而使用默认值 ，也是可以发布web应用程序到Tomcat并启动运行的。使用默认值的结果是：
把Eclipse管理的Tomcat的配置文件，同步到一个Eclipse的目录（很深），Tomcat使用这份配置文件启动，而不修改原Tomcat安装目录的配置文件。
“发布项目”时，会copy一份编译好的项目代码到.metadata.plugins\org.eclipse.wst.server.core\tmpN\wtpwebapps\目录 。
我们要改成：
这里我们要修改它的，强化对Tomcat的控制力。有时我们还要进入 Tomcat的物理安装目录做一些工作呢。要改成：
把Eclipse管理的Tomcat的配置文件，同步到Tomcat的物理安装目录中conf目录，覆盖原Tomcat安装目录的conf目录的配置文件，加强对Tomcat的控制。
“发布项目”时，会copy一份编译好的项目代码到Tomcat的物理安装目录的webapps目录 。
注意：
大家看上图， 几个重点选项是灰色的不可操作，是因为 Wtp的Tomcat server管理配置项目 中有已发布的项目。
先清理先前发布过的项目，就可以操作了。按照图片中的样子修改，就达到目的了。
五、运行管理
在Servers视图中， 右击 Wtp的Tomcat server管理配置项目，弹出菜单如下：
可进行Tomcat的运行管理。
重启不用先停止 ，直接按启动就行。
下图中的红线框住的一个“服务器”图标，是“Publish to the server”，是发布Tomcat配置文件用的，很重要，很重要。
六、不能发布项目问题的解决
只有“动态的Web项目”才可以“发布”到tomcat中，如果你的项目不能“发布”，说明不是“动态的Web项目”。
按如下调整：
鼠标右击项，选中properties，弹出如下窗口，按下图操作，设置为“动态的Web项目”。
如果在编译时， 报错“找不到目标运行时”，也按下图，设置“目标运行时”。就可以了。
七、调试Java代码频繁重启动
在Tomcat Server上双击编辑该服务器，在Modules tab上选中你的项目，再点edit把reload context去掉，确定用JDK1.4以上的虚拟机运行Server，就可以不重启直接使用HotSwap