1) perl 模块的创建
perl 模块的后缀名为.pm, 其中的内容和一般的perl脚本相同, perl模块中通常放置可重用的函数以及变量,
比如创建一个fasta.pm,里面包含一个统计fasta序列中gc碱基个数的方法:
#/usr/bin/perl
package fasta;
use warnings;
use strict; sub run {
my $seq = shift;
return $seq =~ tr /GCgc/GCgc/; } ;
然后写一个脚本检测一下该模块是否起作用:
#!/usr/bin/perl
use fasta; my $seq = qq{ATCGCTACGACG}; my $gc = fasta::run($seq); print qq{$gc\n};
运行该脚本,输出结果为7, 可以看出结果确实是GC碱基的个数;
这个测试的脚本和fasta.pm 是放在同一个目录下的, 当脚本和模块放置在不同的目录时,
为了使用该模块, 就必须指定模块所在目录;
2) 指定perl模块目录
比如fasta.pm 所在目录为/home/xudl/perl
第一种方式: 设置环境变量PERL5LIB,
在~/.bashrc 中添加
export PERL5LIB=$PERL5LIB:/home/xudl/perl;
然后source ~/.bashrc 使这个新修改的环境变量生效即可;
第二种方式, 在脚本中使用use lib
use lib "/home/xudl/perl";
然后就可以使用
use fasta;