- 创建时的目录结构不同。
- WEB应用程序一般处理程序有命名空间，而网站中的没有。(因为应用程序最后要编译成一个DLL文件，会产生命名冲突，而网站每个页面会编译成每一个的DLL，不会文件内产生全名冲突)。WEB网站每一个页面（ashx页面）都是一个独立的程序，一个页面出错了不会影响到另外一个页面
- 网站中每个页面(aspx,ashx)都生成对应的程序集，名称是随机的，当文件建立保存以后，请求会自动保存一下。会重新编译生成一个新的程序集，如果没有改动，则不会生成新的.
- Web应用程序中修改了代码以后一定要重新生成，不然修改后的代码不会生成到程序集中，程序集中可能还是旧的内容.
- 网站中定义普通的类必须放在App_Code文件夹中，而应用程序直接建就行了
总结，大网站比较适合用WebApplication项目，小网站比较适合用WebSite项目。