此外，编译好的脚本程序是经过压缩和加密的，而且还可使用 FileInstall 函数来绑定（装入）所需文件（同样也会被压缩和加密）到生成的程序中。当然，所有被 #include （包含）的文件都会被连接并编译进目标文件中，这样脚本（程序）在运行时就不再需要这些文件了。
Aut2Exe 的使用方法有以下三种：
方法 1 - 开始菜单（Start Menu）
此方法要求完整安装AutoIt.
1. 打开开始菜单并选择 AutoIt v3 程序组。
2. 点击“Compile Script to .exe”。
3. Aut2Exe的主界面就出现在您的面前了。
4. 点击浏览（Browse）按钮来选择要编译的脚本文件(.au3)和程序的输出位置(.exe)。
5. 如要修改目标程序的图标则请点击（第三个）浏览（Browse）按钮并指定图标文件（也可使用由AutoIt提供的一些示例图标：默认位于Program Files\AutoIt3\Aut2Exe\Icons).
6. 如果不希望有任何人反编译您的脚本程序（现已有反编译工具）则请在下方输入加密密码。
7. 现在只剩下一个可能会需要调整的设置了，那就是编译程序时的压缩级别（在使用FileInstall装入大量文件时特别有用）。打开压缩级别（Compression）菜单即可进行设置。正如其它压缩程序一样，您选择的压缩级别越高则压缩速度越慢。不过，无论您选择哪一种压缩级别（最终生成的.exe程序）在解压（运行）的时候速度都是差不多的。
8. 点击转换（Convert）按钮即可编译脚本。
方法 2 - 右键菜单（Right Click）
此方法要求完整安装AutoIt.
1. 在资源管理器中找到您要编译的 .au3 脚本文件。
2. 在其上点击右键。
3. 在出现的右键菜单上点击“Compile Script”，则脚本文件即被编译并在同一目录下生成一个同名文件（当然，扩展名变成.exe）。
当您选择使用这种编译方式的时候，Aut2Exe 将使用当前的图标和压缩级别设置（也即上一次通过第一种方式编译时的设置）。
方法 3 - 命令行（The Command Line）
Aut2Exe.exe 也可在命令行环境下运行，例如：
Aut2exe.exe /in <infile.au3> [/out <outfile.exe>] [/icon <iconfile.ico>] [/nodecompile] [/comp 0-4] [/pass <passphrase>]
长文件名应该用双引号围住，如 "C:\Program Files\Test\test.au3"。若没有给定“out” 文件名则生成与脚本文件同名的程序（仅扩展名不同）。
『注：参数中的<infile.au3>指的是要编译的脚本文件位置（相对路径或绝对路径），<outfile.exe>指的是编译后的程序生成的位置，<iconfile.ico>指的是图标文件的位置，[/comp 0-4]指的是压缩级别，<passphrase>指的是加密密码。』
技术细节
在脚本编译和使用FileInstall函数装入外部文件时所用的是我本人(Jon) 的压缩算法。
因为一个编译好的脚本程序必须能做到无需密码（解压）而又能够得以解析并运行。也就是说压缩是双向的（即压缩和解压都是用同一种算法）。正因为如此，您应该把生成的程序纯粹地视为编译文件而不能认为（其中保存的信息）是完全安全的。举个例子来说，如果我（为了桌面展示的目的）写了一个需要含有用户名和密码的脚本，那么我可能会用工作站级别的用户名/密码而 不会 认为脚本程序已足够安全而使用域或整个网络的密码，除非我非常确定不会有任何终端用户可获取该程序。