所有的入口都从根目录下的index.php进入，确定应用所在目录后，加载 codeigniter/CodeIgniter.php 文件，该文件会顺序加载以下文件执行整个流程。
index.php：检测文件路径，加载codeigniter.php文件
codeigniter.php： 加载
Common/constants....文件。获取文件模式、设置计时器、实例化类（错误类、扩展类、钩子类、系统扩展、配置类、编码类、路由类、过程
类、输出类、安全类、语言类、控制器）、加载请求方法、渲染输出view。
CodeIgniter的一个类会保存为一个php文件，类名与文件名同名，它的核心应用类会在类名前加"CI_"。
system/core/common.php：包含检测php版本、文件权限、加载核心类、获取配置参数、加载异常/错误类、获取http请求状态等公共函数
application/config/constants.php：设置文件权限常量、应用程序宏定义文件
system/core/Benchmark.php：用来记录执行时间
system/core/Hooks.php：检测是否有钩子对象调用
system/core/Config.php：为管理配置文件提供方法，检测application/config/config.php参数
application/config/config.php：配置全局参数
system/core/URI.php：解析url参数
system/core/Router.php：检测路由配置，解析 HTTP 请求，以确定谁来处理
system/core/Output.php：检查是否有缓存文件，如果存在则直接输出内容。
system/core/Input.php：过滤 HTTP 请求和任何用户提交的数据
system/core/Long.php：初始化提示语言变量
system/core/conctroller.php：控制输出类
引用自：百度空间
记录错误日志：
默认程序不记录错误日志，如果有需要的话可以设置：
1、在application/config/config.php中设置$config['log_threshold'] = 1/2/3/4，如果为0表示不输出错误日志，具体可查看里面的介绍；
2、在需要写入错误的页面调用全局函数log_message('级别','消息')，级别有三个，一是error，即php运行错误，二是debug，系统调试，CI本身在很多页面也加了自己的系统debug，三是info，介绍运行中的一些消息，消息内容自己写；
3、
默认情况下错误日志存放在application/logs/log-[time].php中，它按日期存放文件，比如：log-2011-6-26表示
存入今天的日志内容，一般情况下为了隐藏日志内容须将这个地址挪位，可以在$config['log_path']中设置路径，按要求最好是完整路径信
息。
设置自己的全局变量/配置：
有时需要定义自己的全过程变量以供在其它地方使用，如自定义的session等，在CI中这项工作也很轻松。
1、在application/config/中创建自己的config文件，注意存放文件位置。比如建立一个自己的配置文件mysetting.php，内容，$config['try'] = 'this is my trying';
2、在需要调用自定义全局变量的地方使用$this->config->load('settingfile')函数，比如：
$this->config->load('mysetting');
如果有需要也可以通过application/config/autoload.php设置为自动加载。
3、接下来在同一页面中使用$this->config->item('varname')函数，比如：$this->config->item('try');会输出：this is my trying;
上面可以看出，CI中函数调用为：$this->filename的形式，也可以看出CI把整个系统看成一个大的类，然后通过加载、继承等方式获取相应方法。
更多自定义变量参考：http://codeigniter.org.cn/user_guide/libraries/config.html
隐藏index.php与加载外部文件：
来自：百度空间，有更改。
其实不管是在用CI还是ZF都有同样一个问题，就是路径的问题。前期，我在用ZF做CMS时，我在.htaccess文件中设置了如遇到
js,css,img等资源文件都不重定向。但今天在用CI时，却忘记了，弄了半天都没搞好，登陆CI的中国官方网，终于在论坛高手的帮助下把问题觖决
了，在这里把它贴出来，供大家分享。
首先，隐藏url中的index.php文件，这样访问其它目录的时候就不会有http://www.xxx.com/index.php/xxx的样式
出现，面是直接http://www.xxx.com/xxx形式，在根目录.htaccess文件里设置（作用是隐藏index.php，有时
index.php可能不在根目录，则htaccess须移到index.php所在目录），如下：
RewriteEngine on
RewriteCond $1 !^(index\.php|images|js|css|robots\.txt) #这里排除了images、js、css目录及index.php、robots.txt文件
RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]
这里JS,CSS,IMG等资源文件夹与SYSTEM文件夹放在同一级下，独立放置的好处是不用受htaccess的限制，因为htaccess文件写明
Deny from all，即拒绝访问。打开application/config/config.php改写配置：
$config['base_url'] = "http://127.0.0.1/";
$config['index_page'] = "index.php";
如果， $config['base_url'] = "http://127.0.0.1";后面没加'/'，则在model_rewrite最后一行应写RewriteRule ^(.*)$ /index.php/$1 [L]，在index.php前加一个'/'。然后在JS文件夹中建立ajax.js文件，我在VIEW层中的文件为index.html。这样我要引入JS时，可以用CI自带的BASE_URL来设置，如下：
在controllers里相关控制网页里添加（在其它load之前）：
$this->load->helper('url');
在views表现的index.html里：
<script type="text/javascript"
src="http://sumsung753.blog.163.com/blog/<?=base_url().'js/ajax.js'?>"></script> 注：这里url是网站相对URL（好处是可以更改根目录后相对地址不用改变）
这里js文件夹没有重定向，所以可以正常访问，而如果是受限制的页面则比较麻烦了。
好了，CI中引入外部的JS与CSS就这么简单。
注
别的说明：“ RewriteCond $1 !^(index\.php|images|js|css|robots\.txt)
”这里代码的意思是：任意你想访问的资源都不被重定向时，都可写在这里。有时，网站没有加载CSS,JS（它的路径都是正确的）时，都是被重定向了，这要
注意。
具体可查看CI的中国官论坛 http://codeigniter.org.cn/user_guide/helpers/url_helper.html，URL辅助函数一节，
http://codeigniter.org.cn/user_guide/general/urls.html，url设置，
http://codeigniter.org.cn/forums/thread-4-1-2.html，Hex关于隐藏index.php的说明，但他在model_rewrite用了index\\.php，我觉得用双反斜杠有误。
(另外：特别谢谢CI中国官论坛上的Hex 与visvoy )
数据间的传输：
1、将数据从控制器传入视图
由于控制器controllers在ci中扮演交通警察的角色，其是一个大类，而视图view作为controller类中的一个函数中的函数，所以view可以使用controller中的属性。所以可以这样写：
Controller类Test
class Test extends CI_Controller {
public static $test2=''; //定义一个属性
public function __construct(){
parent::__construct();
self::$test2 = $this->load->view('new','',true); //给$test2这个属性赋值
}
public function index() {
$this->load->helper('url');
$this->load->view('anchor');
}
}
View.php
<?php
echo Test::$test2; //直接使用类中的值
?>
这种直接使用controllers类中的值的方法虽然可行，却不是ci所提倡的。一般来说在controller中使用$this->load->view()的时候可以通过参数传值给view视图：
function index()
{
$data['css'] = $this->css;
$data['base'] = $this->base;
$data['mytitle'] = 'Welcome to this site';
$data['mytext'] = "Hello, $name, now we're getting dynamic!";
$this->load->view('testview', $data); //$data通过参数传递到view
}
这里，把需要传递的数值加入至$data数组，ci在核心类中给自动使用extract()函数把数组“解压”出来，成为一个个变量。所以在view中可以直接这样使用变量：
echo $css;
2、模型与视图的交互
在ci中模型总是用以处理数据，模型中数据处理也是通过controller中转到view，所以最好不要试图模型直接与视图联系。手册中有这样一个例子：
class Blog_controller extends CI_Controller {
function blog() {
$this->load->model('Blog'); //载入模型
$data['query'] = $this->Blog->get_last_ten_entries(); //使用模型中的方法，将返回值存入$data数组
$this->load->view('blog', $data); //像上例一样，通过参数传给视图view
}
}