今天差点把源码给覆盖掉了><...555...
虚惊一场！！看了一篇博客分析这种情况。我的环境是CentOS5.5，不会出现文件夹直接被覆盖的情况，但是在Linux下不要用Win下的一些直接操作，最好用命令行操作。
原文件夹folder含一个文件test.txt和一个子文件夹subdir；
同名新文件夹folder下只有一个文件test.txt。
我在文件夹中用鼠标复制新文件夹到旧文件夹所在的文件夹，在windows下只会替换其中新文件夹中的test.txt，旧文件夹下的子文件夹subdir不会受影响；而在linux下旧文件夹下面的子文件夹subdir也会被删除！
这就是linux和windows不同的地方之一，一些在windows下面想当然的操作在linux下没有用过也不要去随便做。
另外，我在linux下的命令行方式下试了一下复制覆盖操作：
假设folder和anotherfolder在当前目录下，anotherfolder下有个名为folder的旧文件夹，
cp folder anotherfolder/ -fr
这样操作只会覆盖同名的文件test.txt，而不会覆盖旧文件夹下面的其它东西。
这跟用什么文件管理器没关系，LINUX对设备、文件夹都是以文件的形式来管理的。也就是说，从软件层面来讲，对于LINUX而言，一个设备是一个文件、一个文件夹也是一个文件。
试试：vi $FOLDER （$FOLDER可以是你想输入的任何文件夹路径）
你会看到终端打开了这个“文件”并且显示除了$FOLDER所指定文件夹下面的所有文件名。
所以你覆盖了文件夹，当然它里面所管理的文件列表就变了，所以你进到那个文件夹也就看不到你之前的文件了。
不过比较新版的LINUX已经改进了这个机制，可以有一个比较覆盖的机制，也就是和WINDOWS一样的了。