正好今天朋友 xjb 也碰到了这个问题，所以写了这篇笔记，将此问题的描述以及解决记录下。
问题描述：用 web 方式, 可以链接 mysql, 但是在命令行下, 却提示:
Fatal Error: undefined function mysql_connect()
环境: Windows 2003, PHP 5.2.0, MYSQL 5.0, Apache 2.0
在 php.ini 中, 已经将 php_mysql.dll 的模块选项给打开了；测试的脚本也很简单，就一个 mysql_conect 函数，内容如下:
复制代码代码如下:
php.ini:
extension=php_mysql.dll
测试脚本 test.php 内容如下：
text.php
<?
if ( !mysql_connect(DBHOST, DBUSER,DBPWD) )
{
echo "连接失败!";
exit;
}
echo "连接成功!t";
?>
用 web 方式调用 http://localhost/test.php, 执行正常, 显示"连接成功".
但用 dos command 命令行的方式调用 d:/php/php.exe test.php 却显示连接失败, 错误信息为: Fatal Error: undefined function mysql_connect()
很显然, 在 dos command 命令行的环境下，mysql 的模块没有被调用。方法弄尽, 仍无法解决. 百思不得其解. 后来, 用写了个脚本, 看看 php 的配置, 在两个环境下有什么不同:
test.php
复制代码代码如下:
<?
echo phpinfo();
?>
仔细查看两个环境下 phpinfo() 输入的 php 配置信息，终于发现了问题所在:
Web 方式 http://localhost/test.php 方式调用时, 其 Configuration File (php.ini) Path 显示为 C:WINDOWSphp.ini。
DOS COMMAND 命令行方式 d:/php/php.exe test.php 调用时, 其 Configuration File (php.ini) Path 为 d:phpphp.ini。
而在 c:windows 和 d:php 目录下， 都存在一个 php.ini 文件，d:php 目录下的 php.ini 没有将 extension=php_mysql.dll 模块打开．于是将 d:phpphp.ini 删除，只保留 c:windowsphp.ini，问题解决．
总结：在 windows 下安装 php 时， 为了避免配置文件混乱，将安装目录下的 php.ini 复制到 windows 目录下之后，应该将原来安装目录下的 php.ini 文件重命名或删除，以免造成在不同环境下执行时，查找配置文件不一致的情况发生。问题发生的原因一般都是非常非常简单，但查找、排除问题的过程，却是相当的烦人。