新工具DPR的一些想法

时间:2023-03-08 20:06:26

可行性分析

假设:

连续性 - 与clustering的假设正好相反

分支事件

特征的选择;距离的度量;

限定KNN的必要性;

MST构建;

主支的构建和简化;省略中间点;最短路径;

迭代处理所有分支;统计

投射所有细胞;使用longest branch

root the tree;

相对主线的深度的拓展

简化的ggtree;nodes center

下游分析

分支的显著性排列,节点数、深度;

branching driving factor

聚类比较

pseudotime比较

技术细节:

特征选择

drop out处理

outlier处理

拓展:

大规模测序应用,减少算法复杂度;

留好各种接口,便于个性化分析;

方便使用,提高引用率;

敏感性和特异性的平衡;