大家好,我是邓飞,这里介绍一下如何使用Haploview进行单倍型的分析。
计划分为三篇文章:
- 第一篇:Haploview做单倍型教程1–软件安装
- 第二篇:Haploview做单倍型教程2-分析教程
- 第三篇:Haploview做单倍型教程3–结果解读
今天是第一篇。
下面是Haploview做的结果:
下面是LDblockShow做的结果:
两者结果是一致的。
Haploview因为是GUI界面,可以鼠标点点点的形式,所以更简单:
1. 软件下载
官网: https://www.broadinstitute.org/haploview/downloads#JAR
windows系统:
Linux系统:
2. 配置java环境
https://www.java.com/zh-CN/download/
下载安装好之后,在终端运行java,出现帮助文档,说明配置成功。
2.1 windows系统
cmd终端打开,键入java,出现下面界面,说明配置成功。
2.2 Linux系统
终端打开,键入java,出现下面界面,说明配置成功。
3. windows安装
安装好之后,打开HaploView软件:
打开软件:
4. Linux安装
终端下,键入命令:
出现界面:
上面就是搞定了软件的安装。
下一篇介绍一下数据分析实操方法。
下下一篇介绍Haploview结果如何解读及如何微调结果。
欢迎继续关注。