Haploview做单倍型教程1--软件安装

时间:2022-12-31 10:56:01


大家好,我是邓飞,这里介绍一下如何使用Haploview进行单倍型的分析。

计划分为三篇文章:

  • 第一篇:Haploview做单倍型教程1–软件安装
  • 第二篇:Haploview做单倍型教程2-分析教程
  • 第三篇:Haploview做单倍型教程3–结果解读

今天是第一篇。

下面是Haploview做的结果:

Haploview做单倍型教程1--软件安装


下面是LDblockShow做的结果:

Haploview做单倍型教程1--软件安装


两者结果是一致的。

Haploview因为是GUI界面,可以鼠标点点点的形式,所以更简单:

Haploview做单倍型教程1--软件安装

1. 软件下载

官网:​​ https://www.broadinstitute.org/haploview/downloads#JAR​​

Haploview做单倍型教程1--软件安装

windows系统:

Haploview做单倍型教程1--软件安装

Linux系统:

Haploview做单倍型教程1--软件安装

2. 配置java环境

​https://www.java.com/zh-CN/download/​

Haploview做单倍型教程1--软件安装


下载安装好之后,在终端运行java,出现帮助文档,说明配置成功。

2.1 windows系统

cmd终端打开,键入java,出现下面界面,说明配置成功。

Haploview做单倍型教程1--软件安装

2.2 Linux系统

终端打开,键入java,出现下面界面,说明配置成功。

Haploview做单倍型教程1--软件安装

3. windows安装

Haploview做单倍型教程1--软件安装

安装好之后,打开HaploView软件:

Haploview做单倍型教程1--软件安装

打开软件:

Haploview做单倍型教程1--软件安装

4. Linux安装

终端下,键入命令:

java -jar Haploview.jar

出现界面:

Haploview做单倍型教程1--软件安装

上面就是搞定了软件的安装。

下一篇介绍一下数据分析实操方法。

下下一篇介绍Haploview结果如何解读及如何微调结果。

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