Unix下编译通过的C代码,在win32下编译是不能通过的 ,当然Unix 和win32的API都是符合标准C,也就是说,大多数函数调用在unix和win32下是相同的.但是,unix有自己一些独特的API（如fork,spawn,signals,select,sockets等）,如果代码中使用了这些API,在win32下当然找不到对应的库.
但是,这些API的功能在win32中也能实现,也许你已经发现了一个能让window编译Unix风格代码的方法:
1.修改编译器,让window下的编译器把诸如fork的调用翻译成等价的形式--这就是mingw的做法.
2.修改库,让window提供一个类似unix提供的库,他们对程序的接口如同unix一样,而这些库,当然是由win32的API实现的--这就是cygwin的做法.
MinGW相比CygWin/gcc来讲，更加贴近win32。因为它几乎支持所有的Win32API。它所连接的程序，不需要任何第三方库即可运行。
CygWin/gcc，其实这是两个东西。CygWin是一个让Windows拥有Unix-like环境的软件。而gcc就是安装在CygWin上的编译器。
CygWin/gcc与MinGW的最大区别在于：使用CygWin/gcc可以在Windows下调用unix-like的API，（如fork,spawn,signals,select,sockets等）。也就是说Cygwin是运行在Windows下的，但是她使用的是Unix-like系统的函数和思想。由于这个区别，导致的结果就是用CygWin/gcc编译出来的程序可以无缝的运行在*nix环境下。但是如果调用了unix特有的API函数，在windows环境下不能正常运行，如果想在windows下正常运行的，就必须依赖cygwin1.dll，速度上会有些影响。
而用MinGW编译出来的程序，如果源代码里面调用了unix环境的API，则MinGW会把这些对UNIX的API调用翻译成win32下等价的形式。同时这个程序是不能在windows下运行的。
说白了，如果你是想在windows环境下开发linux运行程序，那么CygWin/gcc是你的不二之选。
而如果你想开发的是windows运行程序，并且追求速度，那么二者相比而言，MinGW是更好的选择
我没有用过这两个工具，只是有点想选择一个来用，于是在网上比较一下两者有啥不同，然后选一个适合自己的。过程中，我发现网上一份文章可能被多个人转载，被多个人稍微修改后当成自己的随笔写出，误认不浅。
说一点，什么cygwin编译的程序可以无缝在linux上运行，根本就不能这么理解。
cygwin官方的一个定义是Cygwin is not a way to run native linux apps on Windows. You have to rebuild your application from source if you want it to run on Windows.
翻译过来就是
cygwin不是让linux程序能在windows上运行的方法，如果你想要让linux程序能在windows运行，那么你只有用cygwin来重新编译一下源文件。
这句话完全反驳了无缝运行在linux的说法。就是说你在linux上编译的elf程序不能直接拿到cygwin上运行，同样，你用cygwin编译的程序也不是linux的elf格式，而是exe格式，exe是无法在linux上运行的。
cygwin和mingw都是为用户提供在windows操作系统使用GNU工具的方法，使得在windows上可以编译为linux写的c源代码并运行(让你可以用signal等linux才有的api)。真正的不同在于
1，cygwin大，mingw小
2，cygwin编译后的exe需要cygwin1.dll作为支持，而mingw不需要就可以直接运行，因为有中间层所以cygwin慢，mingw快。
3，cygwin包含的内容更全面，能编译通过的linux源文件更多，mingw的min是minimalist所以能编译通过的更少。但，不是全部，就是说别指望你可以把任何为linux写的源代码在cygwin或mingw编译通过并运行。
What Is Cygwin?
Cygwin is a Linux-like environment for Windows. It consists of two parts: A DLL (cygwin1.dll) which acts as a Linux API emulation layer providing substantial Linux API functionality.
A collection of tools which provide Linux look and feel.
The Cygwin DLL currently works with all recent, commercially released x86 32 bit and 64 bit versions of Windows, with the exception of Windows CE.
Note that the official support for Windows 95, Windows 98, and Windows Me will be discontinued with the next major version (1.7.0) of Cygwin.
What Isn‘t Cygwin?
Cygwin is not a way to run native linux apps on Windows. You have to rebuild your application from source if you want it to run on Windows.
Cygwin is not a way to magically make native Windows apps aware of UNIX ? functionality, like signals, ptys, etc. Again, you need to build your apps from source if you want to take advantage of Cygwin functionality.
MinGW: A collection of freely available and freely distributable Windows specific header files and import libraries combined with GNU toolsets that allow one to produce native Windows programs that do not rely on any 3rd-party C runtime DLLs.
MinGW：根据我的理解，它是一个Windows下的编译器（实际上是一系列开发工具）。与Windows下其它编译器不同的是，MinGW与Linux下广泛使用的GNU（基本上）完全兼容，这意味着，在Linux下如何编译源代码，在MinGW中也可以以完全相同的方式编译。