测序分析软件-phred的安装

时间:2021-11-10 19:36:42

1.进入phred官网,给作者写信,获得所需的软件,大约需要两三天的时间即可收到回信。

2.根据作者的指示下载,解压相应软件。

3.以笔者本人的安装为例unbuntu系统(phred自带的installtion太麻烦了)

4.新建文件夹:

mkdir phred

5:将下载的压缩文件移到新建的文件夹中:

mv phred-dist-071222.c-acd.tar.gz

6.解压文件

tar -zxvf phred-dist-071220.c-acd.tar.gz

7.编译一下:

make

8:添加环境变量:

在home目录下:vi .bashrc添加一下三行内容:

export PATH=/home/lmt/desktop/phred:$PATH
PHRED_PARAMETER_FILE=/home/lmt/desktop/phred/phredpar.dat
export PHRED_PARAMETER_FILE

9:激活刚添加的环境变量:

source .bashrc

10:检验一下我们安装的Phred是否安装好了及环境变量添加好了

在任何路径下(非phred所在路径)输入一下命令:

phred -help

如果安装正确,路径添加正确,就会出现phred的用法提示。

11:安装完成。