安装Cygwin和NDK
参考：http://www.cnblogs.com/skyseraph/archive/2012/03/16/2400567.html
配置eclipse
1、 Eclipse下导入实例 （在ndk下有例子，以hello-jni为例）
选择new—>project-->androidproject from existing Code 接下来如下图所示-> Next
接下来选择Source Code的位置（此处的解释是可以选择拷贝samples目录下hello-jni到自己的workspace，也可不选择，直接在NDK下的samples里创建工程）
然后，finish，完成了创建。
2、 工程编译
工程编译之前需要做一些设置，第一步设定一个新的Builder，用于编译Jni代码：
projec->properties->builders选项卡：选择New，弹出框中，选择Program
选择program,配置如下图：
Name栏填入自定义的名称；
Main选项卡中，Location设置到{cygwin-root}\bin\bash.exe
我的是：D:\ProgramFiles\cygwin\bin\bash.exe
Working Directory设置到当前工程目录：D:\Android_WorkSpace\HelloJni
Arguments设置，这个是对Cygwin的命令行：
--login -c "cd /cygdrive/d/Android_WorkSpace/HelloJni && $NDK/ndk-build"
注意选择你自己的真实目录，别抄我的，不然你死定了。
绿色是工程路径，红色是Cygwin设置的NDK路径。点击 Apply
接着配置Refresh选项
再配置Build Options选项
特别要注意选择specify resources,因为要编译C++，所以必须选择jni目录的C++ code ,如下图所示
finish->Apply->ok->ok
当以上步骤都正确配置无误，保存配置后应该就会自动编译jni目录下的C相关代码并输出相应的.so库文件到工程的libs目录下，libs目录会自动创建。（apk也自动在bin目录里生成，可直接拷贝到手机上安装运行）
这样，就可以和运行SDK程序一样，运行包含Jni代码的Android程序了。
Run->Run As -> Android Application.
原文：http://my.oschina.net/u/779520/blog/118664