防火墙主要有两个方面的局限：
1、防火墙是访问控制设备（ACL），主要基于源目IP地址来现实访问控制，实现了网络层的安全，但不能检测或拦截注入在普通流量中的恶意攻击代码，如WEB服务中的注入攻击等。
2、防火墙无法发现或拦截内部网络中发生的攻击。
防火墙是实现网络安全第一道防线，入侵检测系统是对防火墙有益的补充，是第二道防线，可以对流量进行深层次、多层次的分析检测，提供对内部攻击、外部攻击、误操作等的实时监控，动态的保护大大提高了网络的安全性。入侵检测系统主要有3个方面特点：
1、事前警告：能在恶意攻击对网络系统造成损害之前检测到攻击行为的发生，进行报警。2、事中防御：入侵攻击行为发生时，可以联动防火墙、或TCP KILLer等进行防御。
3、事后取证：被入侵攻击后可以提供攻击信息，以便取证分析。
关于防火墙和入侵检测系统比较，有一个贴切的比喻：防火墙相当于门卫，对进入的每一个人员进行检测，入侵检测系统相当于闭路监控系统，监控关键位置如库房、财务室等的安全状况，仅有门卫是无法发现内部人员的非法行为的，而闭路监控系统可以对内部实时监控，发现异常情况及时发出警告，两者结合才能保证安全。