刚接触java web，对很多东西还不是太了解，特别是各种配置方面的问题，下面仅是自己个人的理解，如有错误或不足之处，希望大家能指教。
如果通过tomcat的bin目录下的startup.bat来启动tomcat，此时tomcat使用conf中的配置文件来配置服务器，tomcat启动后webapps下的各个应用开始工作，浏览器中都可以访问到。 地址栏输入http://localhost:8080/访问的是webapps/ROOT中的index.jsp(这个是默认的，可以更改)
如果在eclipse中点击tom猫图标启动与以上是完全一样的。
如果在eclipse中项目右键->Run As->Run on Server 此时的启动tomcat服务器还是一样的，但webapps目录以及服务器配置文件的使用就根据你指定的server path的不同而有差异(如何指定后面会提到)
（1）如果指定的是eclipse的workspace metadata路径，tomcat会使用eclipse的workspace\.metadata\.plugins\org.eclipse.wst.server.core\tmp0下的配置文件目录conf以及应用目录wtpwebapps，所以此时在地址栏输入http://localhost:8080/访问的是wtpwebapps/ROOT中的index.jsp，这个index.jsp此时不存在，所以浏览器会提示找不到的错误。
（2）如果指定的是use tomcat installation路径，此时就是使用的tomcat安装目录下的路径，使用的也就是安装目录下的conf以及webapps，自然可以正常访问http://localhost:8080/
所以在配置tomcat的conf文件夹下的配置文件时一定要弄清楚指定的server路径，再到相应路径下去配置，才会有效果。
下面说说如何配置server location。
1.如下图所示，server上右键，选择Open
2.如下图，第一个标记框用来选择server的路径，第二个标记框用来选择应用的目录，默认的是wtpwebapps（可以更改为webapps）
3选择好后保存就行了，重启tomcat即使用新配置的目录。
注意：（1）如果上面的server locations 是灰色的无法点击，需要先删除server上之前配置的项目，或者直接删除server重建一个也行。
（2）目录由eclipse的workspace更改为tomcat下的目录后，会在tomcat的conf同级目录下新建backup来保存之前的conf中的配饰文件，然后将原来的conf用新的重eclipse中复制过来的conf文件覆盖。所以如果需要原来的配置，需要重新在conf中配置。
（3）eclipse中右键运行项目时，使用的是server中的配置文件，所以更改需要在server中更改，否则每次都会被server中的配置文件覆盖。
（4）以上也是将eclipse中的项目发布到tomcat的webapps中的方法。