使用编译指令生成apk文件时，出现这个错误，是因为重复引用了..\YourGame\cocos2d\cocos\platform\android\java\bin\classes.jar文件。
为什么会出现这个错误呢？是因为我们在第一次把工程导入eclipse时候需要导入..\cocos2d\cocos\platform\android\libcocos2dx这个工程，并将其设置为Library，然后每次导入新工程时候都只要把libcocos2dx添加为当然工程的Library，否者工程会报错不能编译。然后，我们如果直接用eclipse编译并执行的话，是没有任何问题的。但是如果这时我们用指令编译时，因为你在使用eclipse时候多导入了一次，所以就报错了。这时候我们可以看当前工程下的project.properties文件就可以看到，我的是这样的：
android.library.reference.1=..\\cocos2d\\cocos\\platform\\android\\java
android.library.reference.2=../../GameTest/cocos2d/cocos/platform/android/java
这里就引用了两次，重复引用了哪个库就注释掉一个就行了。我的是这样的：
android.library.reference.1=..\\cocos2d\\cocos\\platform\\android\\java
#android.library.reference.2=../../GameTest/cocos2d/cocos/platform/android/java
然后，这时你再用指令编译工程的时候就不会有错误了，但是下次还是会报这个错误，所以建议要不然直接使用eclipse编译，要不然就每次都要修改一下project.properties文件。
以上一部分是我网上慢慢查资料摸出来的，一部分是自己体会的，不正确的话，还望批评。