Java通过jdbc来访问数据库，通过不同的数据库厂商提供的数据库驱动方便地访问数据库。访问数据库的接口比较统一。
PHP对于不同的数据库采用不同的数据库访问接口，所以数据库访问代码的通用性不强。例如：用java开发的web应用从MySQL数据库转到Oracle数据库只需要做很少的修改。而php则需要做大量的修改工作。
2语言比较
php是解释执行的服务器脚本语言，首先php有简单容易上手的特点。语法和C语言比较象，所以学过c语言的程序员可以很快的熟悉php的开发。而java需要先学好java的语法和熟悉一些核心的类库，懂得面向对象的程序设计方法。所以java不如php好学。
java首先要编译成字节码.class文件，然后在java虚拟机上解释执行。java的web开发首先最容易想到的就是jsp(现在已经到jsp2.0)，原来的java的web开发都是用servlet来实现的，用servlet来开发需要程序员在java的源文件中嵌入大量的html代码。
所以后来就出现了jsp,jsp可以方便的嵌入到html文件当中，其实jsp文件在服务器上执行的时候首先会被应用服务器转换成servlet，然后再编译执行。jsp可以通过servlet和javabean的支持产生强大的功能。javabean是一种可复用的、跨平台的软件组件。使用javabean可以方便的实现java代码和html的分离，能够增强系统的功能和软件的复用性。
java的web开发属于sun公司定义的j2ee其中的规范。而且在j2ee中包括了java的web开发的所有方面，如：jsp、servlet、jdbc、jndi、javabean、ejb等等。j2ee就特别适合于做大型的企业级的应用。
3系统设计架构比较
采用java的web开发技术，需要使用的是面向对象的系统设计方法，而php还是采用面向过程的开发方法。所以用java进行开发前期需要做大量的系统分析和设计的工作。
4跨平台性
java和php都有很好的跨平台的特性。几乎都可以在不作任何修改的情况下运行在Linux或者windows等不同的操作系统上。
5性能比较
有人做过试验，对这两种种语言分别做回圈性能测试及存取oracle数据库测试。
在循环性能测试中，jsp只用了令人吃惊的四秒钟就结束了www.lafei333.cn20000*20000的回圈。而php测试的是2000*2000循环(少一个数量级)，却分别用了63秒。
数据库测试中，二者分别对oracle 8进行1000次insert,update,select和delete：jsp需要13秒，php需要69秒。
6分布式多层架构比较
php只能实现简单的分布式两层或三层的架构，而java在这方面就比较强大，可以实现多层的网络架构。数据库层(持久化层)、应用(业务)逻辑层、表示逻辑层彼此分开，而且现在不同的层都已经有一些成熟的开发框架的支持。例如struts就是利用java的web开发技术实现了mvc的设计模式，而在业务逻辑层也有spring框架，数据库持久化层有hibernate等框架。这些框架可以方便开发者高效、合理、科学得架构多层的商业应用。
下面简要的说一下struts，它实质上是在jsp model2的基础上实现的一个mvc(model、view、controler)框架。jsp model2体系结构是一种联合使用jsp与servlet来提供动态内容的方法。在struts框架中，模型由实现业务逻辑的javabean或ejb组件构成，控制器由servlet实现的，视图由一组jsp文件组成。采用struts可以明确角色的定义和开发者与网页设计者www.huafanyun.cn 菲*际
www.yiqianou.cn/的分工。而且项目越复杂，其优势越明显。
7源代码安全
php开发的程序的源代码都是公开的，他人拿到php开发的程序后都可以进行修改。
java开发的程序，最后用户拿到的是只是一些编译好的class类，无法看到完整的源代码，安全性高。
8开发成本比较
php最经典的组合就是：php + mysql + apache。非常适合开发中小型的web应用，开发的速度比较快。而且所有的软件都是开源免费的，可以减少投入。
java的web应用服务器有免费tomcat、jboss等，如果需要更好的商业化的服务有：web sphere和web logic。
9java和php在web开发方面的比较
综上所述，我个人认为，php适合于快速开发，中小型应用系统，开发成本低，能够对变动的需求作出快速的反应。而java适合于开发大型的应用系统，应用的前景比较广阔，系统易维护、可复用性较好。还有，同样功能的系统用java开发的系统要比php开发的系统的价格要高。
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