我现在的做法：
1、在Eclipse中配置Tomcat时，选择创建Context文件，而不是server.xml，好处是文件可以随便命名，与虚拟目录一致（即xml中的属性path）。Tomcat加载项目时，会扫描conf\Catalina\localhost目录下的所有xml文件，然后根据配置进行加载。
conf\Catalina\localhost目录下xml文件.一般来说一个项目对应一个xml文件，如果你只想加载某个项目，则将该文件改为非xml即可。
context file中xml的内容：
<Context privileged="true" antiResourceLocking="false" path="/myAPP" reloadable="true" docBase="D:\ECP_workspace\myAPP\applications" />
2、把classes文件夹由build文件夹内转移到WEB-INF下。在项目上右键Build Path——〉Configure Build Path，设置Default output folder。同时，将lib也放到WEB-INF下，Tomcat加载时可以一同加载。
对应的项目目录结构，如下所示：
参考：