FAT32格式与NTFS格式互相转换的方法有多种，主要有：
1、利用软件PQ PartitionMagic进行，方法省略。
2、利用利器paragon partition
manager professional进行，方法是：
把FAT32转换成NTFS格式。可用PQ，但是必须把中文名的文件夹改成英文名的，要不转换完都是乱码，可能是PQ汉化版的不支持中文吧，但是有的朋友说简体中文版的可以，没办法阿。有个软件叫"paragon partition manager professional",版本是6.0，简体中文版的。简介是：Paragon Partition Manager 是一套磁盘管理软件，有着直觉的图形使用介面和支持鼠标操作。主要功能包括：能够不损失硬盘资料下对硬盘分区做大小调整、能够将NTFS文件系统转换成FAT、FAT32或FAT32文件系统转换成FAT文件系统、支持制作、格式化、删除、复制、隐藏、搬移分区、可复制整个硬盘资料到其它分区、支持长文件名、支持FAT、FAT32、NTFS、HPFS、Ext2FS分区和大于8GB大容量硬盘。
本软件是一个类似于 PQ PartitionMagic 的磁盘分区工具集，包括 Boot Manager、Partition Manager、Partition Explorer，通过附带的软盘制作工具可制作上述工具的 DOS 版。
本软件的特色在于，可以*选择语言代码页来进行分区转换，从而可以在任何语言的分区上进行操作。而 PQ PartitionMagic 在简体中文环境下是不支持将 NTFS 转换为 FAT32 的。
本软件在简体中文环境下支持NTFS转换成FAT32，而PQ不支持。
这个软件的具体的操作步骤：直接点击要转换的分区，然后点击右键，有个修改菜单，里面有个转换，然后点击，这时软件给标记上。然后选择NTFS转成FAT32，每个簇的扇区数使用默认的就可以，（反之也可以把FAT32转成NTFS），然后点击标题栏的应用。这时它提示在什么系统可以使用FAT32和NTFS，然后说需要重新启动系统，点击确定，重启后进入系统后就出现类似自检的蓝色画面，开始转换，有百分比和剩余时间，转换完成后就按任意键直接进入系统，如果是系统盘，需要再重启一遍。
转换的速度非常的快，我的120GSATA的硬盘10分种左右全部转换完成。
真正做到无损转换NTFS到FAT32，文件名和文件都没有任何变化，现在已经测试了N个已安装的软件都能正常使用。至此，NTFS无损转换FAT32已经完成。而其速度非常之快。
另外如果有朋友转换完后发现只剩下一个C盘了千万不要慌张，没关系的，打开PM，可能发现分区都在，但是只有C盘有盘符，其他的盘符都没有了，怎么办？右键单击你所需要的分区会出现个菜单，点击安装，OK！
3、windows xp中快速将FAT32转换为NTFS
开始－程序－附件－命令，输入"covert c:/FS:NTFS"，回车，这样就将c盘FAT32转换为NTFS了。此法只用于FAT32转换为NTFS，不能将NTFS转换为FAT32。
4、利用Windows 2000 /windows xp操作系统的安装光盘
由于磁盘文件格式FAT32与NTFS的不兼容性，在Windows 98操作系统中不借助第三方软件根本找不到NTFS分区，用DOS(或Windows 98)启动盘启动系统后仍无法找到NTFS分区，也就不能用Format命令格式化NTFS分区的磁盘。
由于磁盘文件格式FAT32与NTFS的不兼容性，在Windows 98操作系统中不借助第三方软件根本找不到NTFS分区，用DOS(或Windows 98)启动盘启动系统后仍无法找到NTFS分区，也就不能用Format命令格式化NTFS分区的磁盘。