更新： 10 OCT 2016
晚上更新了Ubuntu 16.04，虽然重要文件都经过了备份，但是系统设置还是需要重新来过。由于经常重装系统，已经体会到了装系统中最辛苦的要数重新设置了（这也是后来不愿意再重装Win10只是按着MS一步步更新的原因）。为了方便以后的更新换代，在此一边重新设置，一边总结记录，以作参考。今后如有再次升级，必定更新此文。
好了，现在你已经完整地完成了Ubuntu（16.04）的安装，但是迎接你的是一个中看不中用的壳子:-P 下面做的事才是你真正开始在这个Linux平台上生活之前需要做的最重要的事！
0. 调整grub2与双系统时间
之所以此条设为0是因为一般单系统用户可以跳过；然而对于双系统用户来说，特别是Ubuntu作为第二系统的时候，需要调整一下默认的启动顺序。grub2（grub的升级版）是控制操作系统启动的预加载器，就是刚开机OEM之后的那个紫色界面。双系统用户刚装完Ubuntu的时候grub是默认Ubuntu作为第一启动项的。如果需要改成其他系统如Windows作为默认，需要再Ubuntu下打开bash：
cd /etc/grub.d/
sudo mv 30_os-prober 01_os-prober
这里是将原有的操作系统启动的优先顺序从30提升到01。
如果顺便修改下grub界面等待时间，则继续：
cd /etc/default/
sudo gedit grub
打开图形界面。将其中的 GRUB_TIMEOUT 对应的数值改为等待的秒数；顺便检查下#GRUB_HIDDEN_TIMEOUT=0这一行如果没有前面的#号的话一定要补上。 我一般设等待时间是1秒。保存并关闭。
最后，一定要：
sudo update-grub2
这时才使修改真正生效。此时可以重启欣赏一下了。
【29 SEP 更新】 双系统出现启动时间不正确时（如win10和ubuntu16），可以使Ubuntu16使用本地时区：
timedatectl set-local-rtc 1
注意Ubuntu16中，/etc/default/rcS 文件中已经没有了UTC一项，而且手动添加也不能生效。
1.确认系统更新
一般来说再安装过程中不进行系统更新，那么再安装完成之后需要再次确认下系统是否最新。点击右上角关机图标，菜单中有About This Computer一项，在右下角有按钮提示更新。
此外还可以打开软件中心关注下是否有需要更新的软件。
2.输入法配置（搜狗输入法）
一般来说，安装Ubuntu最好安装英文版，因为许多程序不支持中文路径等等。但是为了码这篇文章，我还是再最早的时候安装了Sogou拼音输入法（非广告）。输入法需要直接从官网上下载，因此在连上网络之后直接使用Firefox下载安装Sogou Input。安装完成之后重启一下，再右上角按钮第一个（一般来说）是输入法。这时候fcitx输入法管理器已经自动安装，菜单中的设置打开fcitx设置界面，加号添加输入法，先取消了Only Show Current Language，然后拉列表到最下找Sogou Input添加。最后设置一下熟悉的切换键位就好。添加成功之后输入法的设置会改为默认使用Sogou的设置，想再打开fcitx的设置需要再Sogou的设置中高级中最下方找。建议切换键位通过fcitx修改，选择会比较多。
3. 安装git
我已经要迫不及待安装VIM了但是考虑插件要用到git还是先装一下git：
sudo apt-get install git
安装完成之后和github账号关联（若无github账号请直接看下一步）。首先建立全局信息：
git config --global user.name "YOUR NAME"
git config --global user.email "YOUR EMAIL ADDRESS"
这里将引号中的内容替换成你的github账号信息即可。
默认是全新的系统，没有残留的垃圾文件，于是完全从新建立SSH关联，再根目录下：
ssh-keygen -t rsa -b 4096 -C "your_email@example.com"
同样只改引号中的内容，改成和上面相同的邮件地址。这时会问保存位置，直接按回车保存。
然后要求输入passphrase，相当于是设置密码，和github账户密码不同。这个密码是push提交到线上的时候需要输的密码，无特殊保密需求可以直接回车。
然后就生成了一幅字符图。现在需要找密钥：
cat .ssh/id_rsa.pub
会产生一长串字符，选中后右键copy。
打开github网页登入账户进入账户settings左边找到SSH，可以清理一下没用的SSH keys，然后新建一个 ，取名任意，粘贴进去cat产生的所有字符。保存即可。
第一次登录push的时候会需要确认SSH key安全，并且输入passphrase。
关于如何修改已经设置的以上信息，请求助github help。
参考： https://help.github.com/articles/set-up-git/
4. 安装VIM
0步中使用的是gedit打开的文本文件！太丑了。然而vim还没有被安装：
sudo apt-get install vim
然后就得到了最原始的vim-丑。
所以首先选择颜色主题美化一下。建立个人vim配置文件夹，bash下建立~/.vim/colors/，将下载的颜色主体文件（.vim)放到这个文件夹下（bash下cp）。我一般选择的主题是molokai。然后再用户根目录下
vim .vimrc
建立配置文件，具体配置方法参见http://dougblack.io/words/a-good-vimrc.html。
针对文件类型的设置，需要在.vim文件夹下建立文件夹ftplugin，并且将文件类型.vim如markdown.vim的配置文件放进去。记住在.vim加入
filetype plugin indent on
特别地，
set shortmess=atI " 去掉欢迎界面
重要安装vim的powerline。先安装pip：
sudo apt-get install python-pip
pip install --user git+git://github.com/powerline/powerline
此处可以参考http://powerline.readthedocs.io/en/master/installation/linux.html
如果字体问题始终没法解决，则在.font文件夹中从https://github.com/powerline/fonts下载所有字体并运行./install.sh，在bash的preferences里选择Ubuntu Mono derivative Powerline regular 13#可以解决问题。 顺便在这里可以调整bash背景颜色。
安装插件可以考虑Vundle，但是最近好像不流行了。
【10 OCT 更新】事实证明，Vundle对于Git上的众多插件还是非常好用的，比如YouCompleteMe。用Vundle注意安装某些插件可能还需要手动在.vimrc中配置。
顺便可以安装Tmux，注意新版的powerline完美兼容Tmux不需要另外调整颜色。关于Tmux状态栏的调整参考https://www.v2ex.com/t/154903
【1 SEP 更新】关于VIM+Python，包含最新插件的介绍：http://codingpy.com/article/vim-and-python-match-in-heaven/
【7 SEP 更新】更多个性化设置方法参考：http://www.wklken.me/posts/2016/02/03/some-vim-configs.html
【10 OCT 更新】关于某些情况下vim突然不能连接系统剪贴板，即在:reg中没有"+寄存器，这种情况需要安装一些包。我是sudo apt-get install exuberant-ctags之后重新找到"+寄存器的。具体参看http://www.cnblogs.com/snowbook/p/5818740.html
另外可以在.vimrc中添加快捷键加速系统剪贴板操作：
map Y "+y
map P "+p
5. 安装中文字体
将新的中文字体（注意包括其加粗斜体等整套）放到/usr/share/fonts/中对应类型的文件夹中（如truetype），加一层文件夹以归类。命令行中：
sudo fc-cache -fv
将其扫描安装。安装后可以在
fc-list
查看，如果专门查看中文字体，可以用
fc-list :lang=zh
查看。
现需要修改默认设置，使ubuntu字体显示得符合中国人的日常习惯。方法参考https://memo.ink/fix-chinese-font-display-under-en-environment/
链接中具体是讲：
“至于当前用户的字体配置文件，在 /home/u/.config/fontconfig/conf.d 文件夹下。英文环境下日语汉字优先于中文汉字显示的原因是由于 /etc/fonts/conf.avail/64-language-selector-prefer.conf 文件中的配置”
Noto Sans CJK JP 的优先级在 Noto Sans CJK SC 之前，重新调整一下它们的顺序即可（上下两处）。
修改完成下立竿见影！在搜狗输入法的输入框内字体已经发生改变，gedit打开的文件也换了字体，但是bash中的中文还是没有变。重启后即完全改过。
Firefox的字体需要另外修改。在preferences中找到content，将默认字体设为黑体，在下面的language中加入中文即可。重启浏览器效果可见。
备注：
Sans-serif=无衬线体=黑体：并不是具体一款字体，而是一类字体，选择它其实等于选择这类字体中优先级最高的那款字体。
Serif=衬线体=白体：同上
Monospace=等宽字体，意思是字符宽度相同：同上
点阵字体=位图字体
此外建议安装中文输入法如Sogou Input。
6. 配置python
主要是安装常用的计算库。鉴于前文以及安装了pip。
sudo pip install <lib>
将<lib>替换为要安装的库。sudo不加有时候会报permission错。但是实际情况中pip表现相当差劲，因为对于各种包之间的依赖关系管理很差。不妨直接用apt-get
sudo apt-get install python-<lib>
即可。
这里列举每次必安装的库：numpy, scipy, h5py, matplotlib
sudo apt-get install python-numpy python-scipy python-h5py
对于matplotlib，先安装依赖的库
sudo apt-get install libpng-dev
sudo apt-get install python-matplotlib
安装完成后进入python并逐个import即可验证安装。
7. Latex安装
参考http://blog.csdn.net/bensnake/article/details/43279329
注意实际上分配足够大的硬盘空间直接选择
sudo apt-get install texlive-full
即可，其中包含了latex-beamer和后面的cjk及字体的支持。中文请使用Xelatex编译。
8. 设置root账户密码
Ubuntu刚安装后，不能在terminal中运行su命令，因为root没有默认密码，需要手动设定。
以安装ubuntu时输入的用户名登陆，该用户在admin组中，有权限给root设定密码。
给root用户设置密码的具体步骤：
打开一个terminal，然后输入下面的命令
sudo passwd root
回车后会出现让你输入原始密码，新密码和确认密码，
[sudo] password for you ：---> 输入你的密码（你现在这个用户的密码），不回显
Enter new UNIX password: --- > 设置root 密码
Retype new UNIX password: --> 重复这样
这样你的root的密码设置好了。
注：命令中的root可以省略，命令为passwd而不是password。
在terminal中利用su命令就可以切换到root用户了。
去除密码：sudo passwd -l root（注意此步只需要sudo密码而不需要su密码）
9. 主题设置
软件中心安装Unity Tweak Tool，进入Theme，一般我个人将主题换为Radiance，图标换为Ubuntu-mono-light。
桌面背景找到合适的图右键设置即可！壮哉我BT5～
更多Tweak Tool美化方式参看http://tieba.baidu.com/p/3053319181
【26 AUG更新】
美化Bash界面和参数参考http://blog.sina.com.cn/s/blog_6d0cbb0301019egu.html
10. 常用其他程序
Gaussian和GaussView
直接解压并设置.bashrc即可。
参考http://zhan.renren.com/wuliyouji?gid=3602888498034394451&checked=true
关键的添加.bashrc的内容是
# Setting Gaussian 09
export g09root=/home/user/software
export GAUSS_EXEDIR=$g09root/g09
export GAUSS_SCRDIR=$g09root/g09/scratch
export LD_LIBRARY_PATH=$g09root
source $g09root/g09/bsd/g09.profile
注意把以上的路径改对。Gaussian如果运行时permission报错，尝试将g09文件夹内所有文件chmod 750；或者如果此g09是直接将文件夹复制过来的，可以尝试重新从压缩文档中解压。GaussView安装更容易。直接解压缩以后把安装信息添加到.bashrc中g09设置后面即可。
# Setting GaussView
export GV_DIR=/home/user/software/gview
export LIBPATH=/home/user/software/gview
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/user/software/gview/lib
PATH=$PATH:/home/joshua/Software/gview
alias gv='gview.exe'
Blogilo博客客户端
参考http://www.cnblogs.com/51mcu/p/3391169.html
在软件中心有，开始要求设置密码，选择第一个选项并设置密码。然后进入主界面添加博客。注意设置博客主页时写
http://www.cnblogs.com/Blog名/services/metaweblog.aspx
填写用户名密码后直接进Advanced选项卡选择MetaWeblog API即可。点击Fetch ID按钮获取博客ID就完成了。
Gnome桌面安装
参考http://blog.csdn.net/czwin32768/article/details/51703043
微信网页版助手 for Linux Firefox
安装http://mozilla.com.cn/thread-57805-1-1.html