嗯，我也曾因为这个问题和编辑产生过冲突……
首先关于段首缩进本身，知乎上已经有了不少讨论 [注]，我姑且总结如下：
- 段首缩进两个汉字（的宽度）并不是绝对正确的真理，只是一种习惯。可以缩进一个汉字、两个汉字，也可以不缩进。
- 手写和纸质印刷中段首缩进两个汉字仍然是约定俗成，很少有人打破；而网页中不用缩进已经可以被绝大多数人都接受，但要配合使用较大的段落间距。
- 但不论如何都要采取某种措施来作为段落分隔的标志，所以段首缩进和段间距至少要用一种。
国内的传统新闻、门户网站，基本都使用了段首缩进，而一些新兴的媒体和个人博客则基本不缩进。其中，新浪使用两个全角空格实现，而腾讯和网易使用 CSS 实现：后者是（相对）正确的做法，前者也是可以接受的。
之前我在进行一个新闻类网站的改版工作。我失望地发现，后台的所见即所得编辑器功能太复杂且生成的代码很不干净；更别提改版之前的大量文章的格式没有统一，有的文章缩进了，有的没有用空格缩进，有的用半角空格缩进，有的用全角空格缩进。
我不知道你的网站是什么情况，也不知道你们后台编辑器是什么样的。如果没有历史包袱，则一定要跟编辑说明后台发文章的时候不要带任何的样式，包括段间空行，包括段首缩进——不要用全角空格，更不要用半角空格，告诉他段首缩进是 CSS 的任务不是编辑的工作。
如果有历史包袱，那么就要考虑折衷的办法，比如想办法把之前的文章中的空格全去掉，要么就规定以后只能用全角空格，总之一定要统一。
最后我的做法是让编辑来做缩进，用两个全角空格。我没有在这个问题上固执，因为即使解决了段首缩进，那个后台编辑器的代码也没法干净到我可以完全用 CSS 控制好的程度。后来我写了一份编辑范式给了总编辑，但是他们执行得很不好。最后我放弃了教编辑们去怎么使用编辑器了，一是我自己都用不利索，二是我觉得没办法跟他们解释清楚这样做的道理。