介绍：
http://pasapipeline.github.io/
参考别人的安装教程：http://sihua.us/pasa.htm
软件下载：
https://github.com/PASApipeline/PASApipeline/releases
第一步：安装pasa
tar -zxvf PASApipeline-2.0.2.tar.gz
cd PASApipeline-2.0.2
make
pasa在bin目录下，你可以复制到/usr/local/bin下面
第二步：创建mysql的两个用户，一个只读，一个所有权限
见博客mysql用户创建
第三步：编辑pasa的配置文件
cd /home/cmiao/PASApipeline-2.0.2/pasa_conf
cp pasa.CONFIG.template conf.txt
vi conf.txt
修改好后，保存退出。其他的文件不用修改！
第四步（如果运行augustus提示PASAHOME NOT DIFINED时才执行此步）
vi ~/.bash_profile
export PASAHOME=$HOME/PASApipeline-2.0.2
source ~/.bash_profile
在 ~/PASApipeline-2.0.2/seqclean/目录下：
mdust.tar.gz
psx.tar.gz
seqclean.tar.gz
trimpoly.tar.gz
这几个文件都没有解压。需要手动解压一下，因为seqclean在augustus训练中要用。不解压的话augustus会提示没有seqclean程序而断掉。
tar -zxvf mdust.tar.gz
tar -zxvf psx.tar.gz
tar -zxvf seqclean.tar.gz
tar -zxvf trimpoly.tar.gz
make
make insatll
将各自目录下的可执行程序
~/PASApipeline-2.0.2/seqclean/mdust/mdust
~/PASApipeline-2.0.2/seqclean/psx/psx
~/PASApipeline-2.0.2/seqclean/seqclean/seqclean
~/PASApipeline-2.0.2/seqclean/trimpoly/trimpoly
~/PASApipeline-2.0.2/bin/slclust
都复制到/usr/local/bin里面!
freemao
FAFU