因为这个工具需要用到MySQL，https://github.com/ENCODE-DCC/caper，不得不再Linux服务器上安装。
首先服务器本身是有MySQL的，
$ /usr/bin/mysql --version
/usr/bin/mysql Ver 15.1 Distrib 5.5.60-MariaDB, for Linux (x86_64) using readline 5.1
但一般用户肯定是用不了的，需要管理员给你开用户，开权限，非常复杂。
所以就自己装一个吧，简单、快捷、方便。
第一想到的就是conda，但很不幸，conda上的mysql无法使用，安装的时候发现文件大小就很诡异，只有50MB，最后装好了就报错，core dump。
于是就只能去下载MySQL的文件了，https://dev.mysql.com/downloads/mysql/，有的版本会无法使用，我用的5.7下载的直接是二进制文件，可以直接使用。
然后就是初始化设置：
mysqld --defaults-file=~/mysql/my.cnf --initialize --user=lizhixin --basedir=~/mysql --datadir=~/mysql/data nohup mysqld_safe --defaults-file=~/mysql/my.cnf --user=username &
登录root，改密码（不然会报错）
mysql -u root -p -S ~/mysql/mysql.sock
cat ~/mysql/error.log | grep root@localhost
SET PASSWORD = PASSWORD('passwd');
接下来就是创建用户、授权、创建新数据库了
CREATE USER 'cromwell'@'localhost' IDENTIFIED BY 'cromwell';
GRANT ALL ON *.* TO 'cromwell'@'localhost';
登录新用户，创建数据库（否则很有可能该用户无法使用创建的数据库）
mysql -u cromwell -p -S ~/mysql/mysql.sock
CREATE DATABASE cromwell;
MySQL的配置就完成了，没什么难度。
参考链接：
Reset MySQL root password using ALTER USER statement after install on Mac