1、使用区别：
cygwin/gcc和MinGW都是gcc在windows下的编译环境，但是它们有什么区别，在实际工作中如何选择这两种编译器。
cygwin/gcc完全可以和在linux下的gcc化做等号，这个可以从boost库的划分中可以看出来端倪，cygwin下的gcc和linux下的gcc完全使用的是相同的Toolsets。
所以完全可以和linux一起同步更新gcc版本，而不用担心问题，并且在cygwin/gcc做的东西（不用win32的）可以无缝的用在linux下，没有任何问题。是在windows下开发linux程序的一个很好的选择。但是在cygwin/gcc下编译出来的程序，在windows执行必须依赖 cygwin1.dll，并且速度有些慢，如果不想依赖这个东西的化，必须在gcc的编译选项中加入-mno-cygwin。加入这个选项其实gcc编译器就会自动的选择在安装cygwin/gcc时安上的mingw,这个mingw就是gcc的一个交叉编译。
对于mingw作为gcc在 windows上的一个实现，由于不像cygwin的gcc在一个模拟linux上运行，同时相当一部分linux的工具不能够使用，不过现在已经有 Msys这个模拟unix的shell，可以解决很多的问题，不过没有cygwin好用，而cygwin/gcc的no-cygwin选项又依赖于 mingw的支持，所以更新的更慢的，现在只是到3.3.3。在mingw下也是可以升级gcc的，不过需要使用msys。升级方法和在cygwin和 linux下差不多，就不再罗嗦了。不过就我的升级经验来看好像都不太顺利。具体深入的测试，我也没有时间做了。
也是可以让cygwin的最新安装的gcc支持no-cygwin，需要再做一遍交叉编译，但是我不会做，只好算了，呵呵，也许那一天我把这个搞定，再开一个贴吧。
根据以上的分析，如果在windows开发linux程序，cygwin是很好的选择。如果你开发的程序不介意有一个cygwin1.dll的话，也是可以选择cygwin的。如果你是想开发windows下的程序，还要必须用gcc的化，mingw是很好的一个选择。但是在windows下有太多的编译器了，bc，vc，intel c.....。
顺便说就题外的化，据说gcc4.0.0性能有很大的提升，如果我升级完gcc4后，再编译一把gcc4是不是以后的编译性能会提高很多呢？有机会一定要测试一下了，呵呵。
2、基本区别：
Unix下编译通过的C代码,在win32下编译是不能通过的 ,当然Unix 和win32的API都是符合标准C,也就是说,大多数函数调用在unix和win32下是相同的.但是,unix有自己一些独特的API（如fork,spawn,signals,select,sockets等）,如果代码中使用了这些API,在win32下当然找不到对应的库.
但是,这些API的功能在win32中也能实现,也许你已经发现了一个能让window编译Unix风格代码的方法:
1.修改编译器,让window下的编译器把诸如fork的调用翻译成等价的形式--这就是mingw的做法.
2.修改库,让window提供一个类似unix提供的库,他们对程序的接口如同unix一样,而这些库,当然是由win32的API实现的--这就是cygwin的做法.
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