Sites：在IIS上定义的一个站点，它是整个应用的入口。在Site上可以编辑名称、地址、端口、主机头以及所绑定的协议等（II7不限于Http和Https，还可以是MSMQ等标准协议）。Site必需包含至少一个Application（称为Root Application），且可以包含多个Application和Virtual Directory。
Application：它必属于一个Site，且同时属于一个Application Pool。在Application Pool上定义了所使用的.net framework的版本，同时不同的Application之间由于所属的Application Pool不同，其相应的AppDomain也就进行了相应的隔离。一个Application必需至少包含一个Virtual Directory（称为Root Virtual Directory）。Application的名称会作为整个URL的一部分。其URL中请求的地址相应的被转换为Application所指定的物理地址。
Virtual Directory：它必属于一个Application。Virtual Directory的名称作为整个URL的一部分。但是它指定的物理路径可以与Application不同，所以IIS会将请求转到文件的真实的物理地址上。
在Site上定义的物理地址实际上是指定其相应的Application的物理文件地址，在Application上指定的物理地址实际上指定了其相应的Virtual Directory的物理文件地址。其实本质上，只有Virtual Directory是与物理地址相关的概念，而Site与Application更多的是与配置相关的概念。
相关参考：http://learn.iis.net/page.aspx/150/understanding-sites-applications-and-virtual-directories-on-iis/