Vs2005和VS2008中都有建立web应用程序和Web网站，总搞的大家不知所戳。
web应用程序可能是微软为了让程序员很好的从winform过渡到web开发而保留了。Web网站就完全要应用到web开发的。其实两者之间没有什么大的区别，自己从表象总结了一下他们的异同点。
相同：
1、都是设计Asp网页的。
2、都可以添加ASP.Net文件夹（都包括App_Browsers、App_Data、App_GlobalResources、App_LocalResources、App_Themes）。
不同：
1、web应用程序Default.aspx显示有两个原有文件及Default.aspx.cs和Default.aspx.designer.cs；Web网站Default.aspx显示有一个原有文件Default.aspx.cs。
2、web应用程序有重新生成和发布两项；Web网站只有一个发布网站。
3、web应用程序和一般的winform没有什么区别都有引用的是命名空间等；Web网站在引用后出现一个bin文件夹那里存放dll和pdb文件。
4、web应用程序可以作为类库被引用；Web网站则不可以作为类库被引用。
5、web应用程序可以添加ASP.Net文件夹中不包括bin、App_Code；Web网站可以添加ASP.Net文件夹包括bin、App_Code。
6、web应用程序还可添加组件和类；Web网站则没有。
7、源文件虽然都是Default.aspx.cs但是web应用程序有命名空间，多了一项System.Collections空间引用。
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原vs.net2005 中没有web应用程序项目。只有新建网站的功能。SP1中增加了web应用程序的功能。此功能推出，满足了众多VS.NET2003开发网站的朋友们。
vs2005的“网站”项目中。其实也有一些优点。原来的vs2003和VS2005SP1中的WEB应用程序.是将整个网站应用程序编译成一个 DLL。而网站项目中是对每个aspx生成的代码文件，单独编译。特殊目录App_Code中代码文件才编译成单独一个程序集。这种设计。可以单独生成一 个页和该页程序集。上传的时候，可以只更新此页。
但这个“网站”项目，编译速度慢，类型检查不彻底。两个不同的ASPX可以生成相同的两个名称的类。发布的时候，也很慢，会删除所有原始发布目录中的所有文件，且复制所有新的文件。并且中间还有停顿，需要用户主动按覆盖文件的按钮才能发布。
而在SP1中的WEB应用程序中，编译和发布速度中，明显变快，发布的时候一开始就可以设置是否覆盖。原来的网站要升级过来，需要生成一个设计类代 码页。有了此文件，编译的时候，编译器就不用再分析ＡＳＰＸ页面了。明显加快了编译速度。且只生成一个程序集。执行的速度页快了。
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网站编译速度快，使用了增量编译模式，仅仅只有文件被修改后，这部分才会被增量编译进去。
生成的程序集 WebSite：生成随机的程序集名，需要通过插件WebDeployment才可以生成单一程序集 WebApplication：可以指定网站项目生成单一程序集，因为是独立的程序集，所以和其他项目一样可以指定应用程序集的名字、版本、输出位置等信 息
可以将网站拆分成多个项目以方便管理
可以从项目中和源代码管理中排除一个文件
支持VSTS的Team Build方便每日构建
更强大的代码检查功能，并且检查策略受源代码控制
可以对编译前后进行自己规定的处理
对App_GlobalResources 的Resource强类支持（网上说的，还没有了解过）
直接升级使用VS2003构建的大型系统
WebSite编程模型的优点：
动态编译该页面，马上可以看到效果，不用编译整个站点（主要优势）
同上，可以使错误的部分和使用的部分不相干扰（可以要求只有编译通过才能签入）
可以每个页面生成一个程序集（不会采用这种方式）
可以把一个目录当做一个Web应用来处理，直接复制文件就可以发布，不需要项目文件（无所谓，只适合小站点）
可以把页面也编译到程序集中（应该用不到，而且WebApplication也可以通过WebDeployment插件来实现）
两种编程模型的互相转换：
VS2005 SP1内置了转换程序，可以非常方便的从WebSite转换到WebApplication 只需要复制文件，右键执行“转换为Web应用程序”即可。未查到有专门的反向转换工具，但比较后发现如果转换也非常简单。
删除所有*.designer.cs 将*.aspx、*.ascx、*.master页面文件中的 Codebehind="FileList.aspx.cs" 批量替换成 CodeFile="FileList.aspx.cs"
原文地址：http://tech.sina.com.cn/s/2008-06-30/1256713197.shtml
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很多新手在VS中创建项目的时候不明白网站和Web应用程序的区别，下面简单总结一下
1、Web应用程序在打开的时候会将所有项目都编译，所以说一开始打开一个Web应用程序会比较慢，但是之后的运行就比较快了
网站是在访问每一个页面的时候对这个页面进行编译，所以说访问每个页面的速度都差不多
2、基于上面的原因
Web应用程序在修改了页面底层的代码之后需要重新进行编译
网站不需要重新编译
3、网站可以添加APS文件夹，Web应用程序不可以
4、Web应用程序的项目会生成Dll文件
网站在发布的时候，会自动生成Dll文件，但是每次的Dll文件名都不一样
5、Web应用程序会有解决方案和项目文件