ibdata1文件是什么？
答：
ibdata1是一个用来构建innodb系统表空间的文件，这个文件包含了innodb表的元数据、撤销记录、修改buffer和双写buffer。如果file-per-table选项打开的话，该文件则不一定包含所有表的数据。当innodb_file_per_table选项打开的话，新创建表的数据和索引则不会存在系统表空间中，而是存放在各自表的.ibd文件中。
显然这个文件会越来越大，innodb_autoextend_increment选项则指定了该文件每次自动增长的步进，默认是8M。
是什么原因导致ibdata1文件会越来越大？
答：
显然ibdata文件存的是数据库的表数据，如缓存，索引等。所以随着数据库越来越大，表也会越大，这个无法避免的。那么服务器硬盘空间不够了怎么办？我们只能把ibdata中的一些log文件都清掉。
怎么解决问题？
答：
ibdata文件中包含的数据并不是我们都需要的，比如撤销日志，这些日志是可以定期删除的。但是之前是放在一个文件中，所以不好删除。因此最好的办法是把ibdata中需要存放的内容进行分开存放，除了
数据文件可以保存，其他不是非必要文件都单独存放并且定时清理。这样可以缓解数据库服务器磁盘的压力。
如果ibdata已经很大了该怎么办？
答：
先把数据库文件备份下来，然后直接删除ibdata文件，重新导入数据库文件即可。这样就可以把ibdata中的日志和缓存都删除掉了。
转自：http://blog.csdn.net/szx9231/article/details/52159352