Apache方面：
1、apache有两个指令可以输出服务器的细节，即ServerSignature和ServerTokens。
当这两个指令一起使用时，会输出apache的版本号，php的版本号，ip，端口等信息。很明显这样是很不安全的。
此时有两种解决办法，一：禁用ServerSignature。二：如果不能禁用，则可以将指令设置为“Prod”（这样只会显示最少的信息）。
2、在httpd.conf文件中，其DocumentRoot指令所对应的目录为公共目录，用户很容易就可访问到，这里面最好不要放重要的文件。
3、httpd.conf文件中有大量的注释语句，这些注释语句有时候回带来负面的效果，建议删除。
4、在not found错误页面一般会显示你的apache版本号，服务器操作系统名称等信息。解决办法是：
用vim编辑器打开配置文件，查找“ServerSignature”，默认情况下它是打开状态。我们需要关闭服务器签名。ServerTokens Prod告诉Apache只在每一个请求网页的服务器响应的头部，仅返回Apache产品名称。
# vim /etc/httpd/conf/httpd.conf (RHEL/CentOS/Fedora)
# vim /etc/apache/apache2.conf (Debian/Ubuntu)
ServerSignature Off
ServerTokens Prod
# service httpd restart (RHEL/CentOS/Fedora)
# service apache2 restart (Debian/Ubuntu)
5、默认情况下，输入url后apache会自动查找目标目录里面的index.php文件，如果没找到，在页面上会显示路径目录里的所有内容，这样是很不安全的。解决办法是：
修改Apache配置文件httpd.conf;找到下面这一句删除掉Indexes即可。把Options Indexes FollowSymLinks改成Options FollowSymLinks即可。
PHP方面：
与安全有关的配置参数
1、disable_functions = string，默认值：null，可以设定你希望禁用的函数，如：disable_functions = fopen，popen，file
2、disable_classes = string，默认值：null，可以禁用类
3、display_errors = On|Off，默认值：on，正常情况下在开发过程中如果有什么错误会被报错到网页上，但当网站运营时，如果继续将报错显示在网页上明显不合适，所以要将该参数设置为off
4、max_execution_time = integer，默认值：30，此参数可以指定脚本的执行秒数，可以防止用户占用过多的cpu时间（如果设置为0，则没有时间限制）
5、memory_limit = integerM，默认值：128M，此指令可以指定脚本使用的内存（此指令只有在配置PHP时启用--enable-memory-limit）
6、open_basedir = string，默认值：null，这个指令可以建立一个基目录，所有的文件操作都只能在这个目录下进行，（与apache的documentroot指令类似）。
7、user_dir = string，默认值：null，辞职岭可以设定一个目录名，php脚本必须放在这里才能执行。（例如：如果设置为demo，则用户Jon希望执行demo.php，则应该在Jon的用户目录下简历demo目录，之后再将demo.php放在该文件夹里面）。
MySql方面：
1、禁用所有不需要使用的系统服务（如你不需要用web服务器发送电子邮件，则可以禁用该服务）。
2、关闭未使用的端口。
3、mysql守护进程的一些安全选项：
--skip-networking。若启用此选项，则你的mysql数据库不接受任何远程连接（这样虽然安全，但也意味着你自己也不能远程调试你的数据库）
--skip-name-resolve。防止用户用主机名连接，只允许使用ip地址和localhost
--skip-show-database。防止没有SHOW DATABASES权限的用户使用此命令查看数据列表。
--safe-user-create。防止没有权限的用户创建新用户。